روحانیت در مساجد، پرچمدار مبارزه شد تا در استمرار حرکت انبیاء و اولیاء و در امتداد دعوت امام خمینی (ره) به توحید، هدف همه ملت ایران در قیام علیه شاه، دین‌داری و دفاع از دین مبین اسلام ناب محمدی (صل الله علیه وآله وسلم) باشد.
هدف امام خمینی (ره)، همان هدف پیامبران و اولیای الهی بود. خداوند در آیه ۳۶ سوره نحل، درباره هدف پیامبران الهی می‌فرماید: وَلَقَدْ بَعَثْنَا فِی کُلِّ أُمَّةٍ رَسُولًا أَنِ اعْبُدُوا اللَّهَ وَاجْتَنِبُوا الطَّاغُوتَ - و در میان هر امتی فرستاده‌ای برانگیختیم [تا بگوید]:
شهید مطهری در سطح نخست، سه مسئولیت کلی متناسب با سه شأن نبی، رسول و امام برای روحانیت تصویر می‌کند. مسئولیت نخست روحانیت، فهم عمیق تمام دین است. ایشان اصول و ویژگی‌های مختلفی را برای اجتهاد جامع برمی‌شمارند که برخی از آنها عبارتند از امتداد مبانی حکمی - معرفتی در اجتهاد، لزوم فراتر رفتن از فقه در فهم دین، تخصصی سازی اجتهاد، تفکیک ثابت از متغیر، توجه به شرایط زمانه.
روحانیت از منظر امام خمینی و مقام معظم رهبری، به دو گروه کلی روحانیت اصیل، متعهد، آگاه، پیشرو و انقلابی و روحانیت غیر اصیل، متحجر، ناآگاه و وابسته تقسیم می‌شوند. از دیدگاه ایشان، روحانیت اصیل امیدبخش، پیشتاز و وظیفه‌شناس دانسته شده و پایگاه محکمی برای اسلام در برابر انحرافات قلمداد شده است و با دوری از مادیات، به مقابله با دنیاطلبان می‌پردازد.
در مقابل، روحانیت غیر اصیل را وابسته به دنیا و دنیاطلبان معرفی کرده که با دشمنان اسلام و انقلاب اسلامی، سازش می‌کنند و حتی به فعالیت علیه اسلام و انقلاب می‌پردازند.
