آیت‌الله مصباح یزدی همچون بسیاری از اندیشمندان اسلامی و حتی پاره‌ای از اندیشمندان غربی، به علوم‌انسانی موجود، نقد داشت و این علوم را نارسا و گرفتار کاستی‌های بی‌شمار می‌دانست و معتقد بود علوم‌انسانی کنونی در شناخت حقایق مربوط به انسان، ناتوان است.
رهبر فرزانه انقلاب در دیدار جمعی از بانوان فرهیخته کشور در تاریخ ۲۷ آذر فرمودند:
«در دوران انقلاب، پیشرفت بانوان در کشور ما، پیشرفت بسیار خوبی است. ما این‌همه دانشمند زن، هیچ‌وقت نداشتیم، این‌همه استاد دانشگاه زن، هیچ‌وقت نداشتیم، این‌همه شاعر زن، این‌همه نویسنده‌ی زن، این‌همه هنرمند زن، آن هم با تدیّن، هیچ‌وقت نداشتیم».
برخی از مسئولان فرهنگی را شنیدم که می‌گفتند پژوهش‌های «علم آزاد» می‌گوید دوران مواجهه سخت‌افزارانه با ناهنجاری‌های اجتماعی مثل بی‌حجابی و شراب‌خواری علنی و فسادهای اجتماعی، سپری شده است! اکنون زمان در پیش گرفتن سیاست‌های نرم و فرهنگی با این ناهنجاری‌هاست!
در این خصوص عرض می‌کنم، بنده تاکنون چنین پژوهش‌هایی را نه دیده‌ام و نه شنیده‌ام و البته بعید می‌دانم و بلکه محال می‌دانم هیچ پژوهشگر و محقق راستینی، چنین ادعای را کرده باشد! چون: خلاف بدیهیات مطالعات فرهنگی و اخلاقی است. خلاف همه تجربیات زیسته بشری و همه تجربیات حکمرانی در تاریخ بشر است.
چند دهه است که بسیاری از عالمان و بزرگان حوزه‌های علمیه، هر کدام از منظری، نقدهایی را نسبت به نظام درسی حوزه‌های علمیه مطرح کرده‌اند. شهید مطهری، علامه طباطبائی، امام خمینی (ره) و بیشتر و مفصل‌تر و دقیق‌تر از همه، رهبر حکیم و فرزانه انقلاب اسلامی، علامه مصباح، آیت‌الله جوادی آملی و...
به عنوان نمونه، سخنی از علامه طباطبائی را به مناسبت ایام رحلتشان نقل می‌کنم:
همان‌طور که رهبر فرزانه انقلاب سالیان قبل فرموده‌اند: «فقه، ستون فقرات حوزه‌های علمیه است».
در این میان، دروس «خارج فقه» که نمایشگر عالی‌ترین و جدیدترین دیدگاه‌ها، رویکردها، نقدها و بررسی‌ها در موضوعات فقهی توسط قوی‌ترین و برجسته‌ترین استادان حوزه‌های علمیه است، «آیینه تمام‌نمای هویت، ظرفیت و استعدادهای بالفعل شده علمی حوزویان است». «دروس خارج فقه حوزه علمیه قم، به مثابه جامی است که می‌توان در آن توش و توان علمی و حتی آینده علمی حوزه‌های علمیه را مشاهده کرد».
