[یک] با انتخاب اعضای محترم دوره جدید شورای عالی حوزه‌های علمیه، امیدهای تحولی در حوزه علمیه زنده شده‌اند. امید به تحولاتی اساسی در سخت‌افزار و نرم‌افزار حوزه‌های علمیه. امید به نقش‌آفرینی حوزه علمیه در تأمین نیازمندی‌های گام دوم انقلاب (یعنی گام دوم فردسازی، جامعه‌پردازی و تمدن‌سازی). امید به تحقق مرجعیت علمی حوزه‌های علمیه در مطالعات اسلامی و علوم انسانی اسلامی. امید به ورود حوزه‌های علمیه در مجامع علمی بین‌المللی. امید به نقش‌آفرینی حوزه‌های علمیه در نهادینه‌سازی دین و ارزشهای دینی در زیست اجتماعی و تمدنی ایران اسلامی و... به هر حال، وظیفه‌ای سنگین بر دوش اعضای محترم و فرهیخته شورای عالی حوزه‌های علمیه نهاده شده است. دعا می‌کنم در انجام این وظیفه موفق شوند و امیدوارم که هرگز بر چهره‌های امیدواری که بی‌صبرانه منتظر اقدامات تحولی این عزیزان نشسته‌اند، گرد یأس و ناامیدی ننشیند .

[دو] انتظار اصلی از حوزه علمیه (در زمینه فعالیت‌های علمی) و شاید بتوان گفت مهم‌ترین مطالبه علمی رهبر فرزانه انقلاب از حوزه‌های علمیه در سالیان اخیر، این بوده است که به معتبرترین مرجع علمی در زمینه مطالعات اسلامی و علوم انسانی اسلامی تبدیل شود. حوزه‌های علمیه باید بتوانند مرجعیت علمی را در علوم انسانی که نرم‌افزار فردسازی، جامعه‌پردازی و تمدن‌سازی‌اند، کسب کنند و الا محتوا و نرم‌افزار فردسازی، جامعه‌پردازی و تمدن‌سازی، کماکان، محتوایی اومانیستی و لیبرالیستی خواهد بود، و نتیجه آن چیزی جز تهی شدن حکمرانی جامعه اسلامی از محتواها و ارزش‌های اسلامی و در نتیجه مرگ جمهوری اسلامی و از بین رفتن انقلاب اسلامی نخواهد بود.

[سه] رهبر حکیم و فرزانه انقلاب، چند سال پیش در دیدار جمعی از طلاب و اساتید حوزه‌های علمیه به صراحت بیان کردند که علوم انسانی رایج در دانشگاه‌های ما، علومی «ذاتاً مسموم» اند. حاوی مطالب و آموزه‌هایی کاملاً معارض و مخالف با فکر و فرهنگ اسلامی‌اند. متکی بر جهان‌بینی اومانیستی‌اند. دنبال اهداف و غایاتی غیراسلامی‌اند. در صدد شکل‌دهی به سبک زندگی لیبرالی‌اند و نتیجه تعلیم و تعلم آنها چیزی جز تربیت مدیرانی بیگانه با اسلام و ارزش‌های اسلامی نخواهد بود و در همین سخنرانی خطاب به حوزه‌های علمیه فرمودند: 

«حوزه‌های علمیه و علمای دین موظفند نظریات اسلامی را در این زمینه [مدیریت، اقتصاد، سیاست، امنیت، و...] از متون الهی بیرون بکشند، مشخص کنند، آنها را در اختیار بگذارند، برای برنامه‌ریزی، برای زمینه‌سازی‌های گوناگون.» 

[چهار] البته حقاً و انصافاً در دوران مدیریت حضرت آیت‌الله اعرافی، اقدامات بسیار خوب و اعجاب‌انگیزی در موضوع علوم انسانی اسلامی صورت گرفته است که توصیف و توضیح آنها به فرصتی فراخ نیازمند است. اما به نظر می‌رسد بدون همدلی، همراهی و حتی مطالبه همه اعضای محترم شورای عالی حوزه، نمی‌توان انتظار داشت که این اقدامات و برنامه‌ها در حوزه‌های علمیه فراگیر و همگانی شوند.

[پنج] به باور این بنده، برای این منظور باید سازوکار «برنامه درسی» حوزه‌های علمیه به گونه‌ای متحول شود که دانش‌آموختگان این مرکز علمی دست‌کم در سه حوزه علمی و مهارتی تسلط لازم را کسب کنند:

1. علوم انسانی جدید را به درستی بشناسند؛ (مع‌الاسف در حال حاضر، در برنامه‌های درسی متعارف و معمول حوزه‌های علمیه چنین آموزش‌هایی داده نمی‌شود)

2. بر علومی که بنیان‌های علوم انسانی را شکل می‌دهند (مثل هستی‌شناسی، معرفت‌شناسی، روش‌شناسی، ارزش‌شناسی و انسان‌شناسی) از نگاه اسلام تسلط پیدا کنند؛ (مع‌الاسف در برنامه‌های درسی و مصوب حوزه‌های علمیه هیچ برنامه‌ای درباره مباحث معرفت‌شناسی، ارزش‌شناسی و انسان‌شناسی وجود ندارد)

3. در زمینه روش استنباط و استخراج «نظریههای» ناظر به مسائل مختلف انسانی، از متون دینی مهارت لازم را کسب نمایند. (به صراحت می‌گویم که روش اجتهاد به شیوه سنتی که در حوزههای علمیه رایج است، هرگز جوابگوی این نیاز نیست. نیازمند انقلابی علمی در روش‌های اجتهاد و نظریه‌پردازی هستیم)