واژه «دانشگاه» و «دانشگاهیان» ۳۲ بار در وصیتنامه امام خمینی (ره) به کار رفته است. در حالی که واژه «حوزه» و «حوزههای علمیه» ۱۶ بار. این نشان از اهمیت و جایگاه والای دانشگاه و دانشگاهیان در اندیشه امام خمینی (ره) دارد.
اهم نکاتی که در مورد دانشگاه در وصیتنامه مورد توجه و تذکر امام خمینی قرار گرفته است عبارتند از:
1) اشاره به وضعیت نامطلوب و نابهنجار دانشگاهها و مراکز آموزشی، پیش از انقلاب اسلامی تا جایی که میفرماید وضعیت دانشگاهها از حیث اسلامستیزی، از «مراکز عیاشی و فحشا و قمار و مسکرات و مواد مخدر» بدتر بود. 2) برنامه رژیم طاغوت این بود که «با به کار گرفتن معلمان و استادان غربزده یا شرقزده» دانشجویان را «صد در صد مخالف اسلام و فرهنگ اسلامی؛ بلکه ملی صحیح» تربیت کند. 3) در زمان طاغوت، مدیریت علمی کشور در اختیار غربزدگان و منحرفان بود . 4) ایجاد تقابل و عداوت میان دانشگاهیان و حوزویان، راهبرد مهم رژیم پهلوی بود و الان هم اگر کسی در این خط حرکت کند، باید با او برخورد کرد. چرا که در حال پیادهسازی نقشه دشمنان اسلام است. 5) راهبرد مهم جمهوری اسلامی، وحدت حوزه و دانشگاه است: «توصیه این جانب آن است که نسل حاضر و آینده غفلت نکنند و دانشگاهیان و جوانان برومند عزیز، هر چه بیشتر با روحانیان و طلاب علوم اسلامی پیوند دوستی و تفاهم را محکمتر و استوارتر سازند». 6) دشمنان ایران و اسلام همه تلاش خود را در جهت دور نگه داشتن دانشگاه از فرهنگ و ادب و ارزشهای خودی به کار گرفته و میگیرند: «از توطئههای بزرگ آنان،... به دست گرفتن مراکز تعلیم و تربیت خصوصاً دانشگاهها است که مقدرات کشورها در دست محصولات آنها است.» و یکی از راهها این است که دانشگاهیان را از روحانیان دور نگهدارند و میان این دو تفرقه ایجاد کنند: «نقشه آنان برداشتن روحانیون از سر راه و منزوی کردن آنان است؛ یا با سرکوبی و خشونت و هتاکی ... یا با تبلیغات و تهمتها و نقشههای شیطانی» ... به هر حال «در دانشگاه نقشه آن است که جوانان را از فرهنگ و ادب و ارزشهای خودی منحرف کنند و به سوی شرق یا غرب بکشانند و دولتمردان را از بین اینان انتخاب و بر سرنوشت کشورها حکومت دهند تا به دست آنها هر چه میخواهند انجام دهند». 7) راه نجات کشور از انحراف، نجات دانشگاه از انحراف است: «بر همه ما لازم است با متصدیان کمک کنیم و برای همیشه نگذاریم دانشگاهها به انحراف کشیده شود و هر جا انحرافی به چشم خورد، با اقدام سریع به رفع آن کوشیم. ... که نجات دانشگاه از انحراف، نجات کشور و ملت است. ... و به همه نسلهای مسلسل توصیه میکنم که برای نجات خود و کشور عزیز و اسلامِ آدمساز، دانشگاهها را از انحراف و غرب و شرقزدگی حفظ و پاسداری کنید». 8) ترویج روحیه شهادتطلبی در حوزهها و دانشگاهها، موجب مصونیت کشور از آسیب خواهد بود: «طرفی از نسیم دلآرا و جلوه شورانگیز شهادتطلبی در حوزهها و دانشگاهها جلوهگر شده است، روحیهای که با وجود آن کشور از آسیب دهر مصون خواهد بود».