محورهای اساسی بخش سیاسی عهدنامه ترکمانچای در مواد سوم، چهارم، هفتم، هشتم، دهم و سیزدهم آن آمده است.

بر طبق مادّه سوم، ناحیه و شهر مهم "نخجوان و ایروان" از ایران جدا و به روسیه واگذار شد.

مادّه چهارم به تعیین مرزهای ایران و روسیه اختصاص یافت و مجرای رود ارس، سرحد دو کشور شد.

طبق مادّه هفتم، روس‌ها، عباس میرزا را ولیعهد و جانشین مشروع شاه می‌دانستند.

بر طبق مادّه هشتم، کشتی‌های تجاری روسیه همچنان از حق کشتیرانی آزاد در دریای خزر در طول کرانه‌های آن بهره‌مند بودند. این مادّه، برای ایران در دریای خزر هیچ‌گونه حقی قائل نبود.

مادّه دهم، بیشترین امتیاز را نصیب سیاست‌های توسعه‌طلبانه روسیه تزاری می‌نمود. این مادّه «استقرار و توسعه روابط بازرگانی را میان دو دولت، یکی از محسّنات بازگشت به صلح» می‌دانست و در پی آن، بر عقد قراردادی جداگانه در این زمینه تأکید داشت. به این صورت که ایران به روسیه حق می‌داد که هر نقطه‌ای را که سود بازرگانی آن کشور ایجاب می‌کرد، انتخاب کند تا از این طریق روسیه بتواند کانون‌های نمایندگی و کنسولی ایجاد کند. امتیاز روسیه در این مادّه سبب شد که انگلیس، در به دست آوردن امتیازاتی در ایران، با روسیه به ‌شدت رقابت کند که به انعقاد قرارداد بازرگانی ایران و انگلیس در ۱۲۵۷، در دوره محمدشاه انجامید.

مادّه سیزدهم، و برخی از موارد مادّه چهاردهم، درباره اسیران و اتباع دو دولت بود که بر طبق آن،  ایران و روسیه می‌بایست در فرصتی چهارماهه، اسیران را به نمایندگان دو دولت تحویل می‌دادند.

در مادّه سیزدهم، برای دخالت در شناسایی اسیران و اتباع دو دولت و استرداد آنان، حقی نامحدود در نظر گرفته شده بود. با تکیه بر این مادّه بود که یک سال پس از عقد عهدنامه، گریبایدوف به جستجوی گرجیان و ارمنیانی برآمد که به زعم وی باید به روسیه بازمی‌گشتند.