بخش دوم عهدنامه، متضمن روابط تجاری ایران و روسیه بود که در نُه مادّه تنظیم و به قرارداد سیاسی منضم شد. این بخش، بیش از آنکه ناظر به گسترش تجارت روسیه و منافع سرمایه‌داری تجاری آن در ایران باشد، راه مطمئنی برای نفوذ روس‌ها و تحقق اهداف سیاسی آنان بود. محورهای اساسی این بخش از عهدنامه نیز مواد پنجم و ششم و هفتم و هشتم بود که هرکدام امتیازات فراوانی به روسیه تزاری می‌داد.

بر طبق مادّه پنجم، اتباع دولت روسیه می‌توانستند در ایران مسکن یا مرکز فروش بخرند یا اجاره کنند و مأموران دولت ایران، بدون اجازه وزیرمختار و کنسول روسیه، حق ورود به آنجا را نداشتند.

مادّه ششم، ورود مایحتاج مأموران نمایندگی‌های روسیه به ایران را بدون پرداخت عوارض گمرکی، مجاز می‌شمارد. همچنین به اتباع ایرانیِ در خدمت آنان، تا زمان خدمت، حقوقی برابر با اتباع روسیه داده می‌شد و در صورت وقوع و اثبات جرم، با رضایت وزیرمختار و کنسول، آنان را به محاکم ایرانی تحویل می‌دادند.

در مادّه هفتم، محاکمات و موارد اختلاف میان اتباع روسیه در ایران، با قوانین روسیه حل و فصل می‌شد و اختلاف میان اتباع روسیه و ایران در صورتی به محاکم ایرانی ارجاع داده می‌شد که مترجمی از نمایندگی رسمی روسیه، با اجازه وزیرمختار یا کنسول روسیه، حضور داشت.

مادّه هشتم به سنگین‌ترین و مداخله‌جویانه‌ترین اقدام و در واقع نقض حاکمیت قضایی ایران، منتهی می‌شد. بر طبق این مادّه، در صورتی که اتباع روسیه قتل یا جنایتی مرتکب می‌شدند، قضاوت آن برعهده وزیرمختار، کاردار یا کنسول روسیه بود و محاکم ایران نمی‌توانستند آنان را تعقیب یا مجازات کنند. رسیدگی به ‌این موارد، در صورت مدلل شدن جنایت، تنها در حضور نمایندگان کنسولی روسیه در ایران امکان‌پذیر بود. در صورت احراز تقصیر، محکوم به وزیرمختار یا کنسول امپراتور روسیه سپرده می‌شد تا در روسیه مجازات شود (کاپیتولاسیون(

بدین‌ترتیب، انعقاد عهدنامه ترکمانچای از یکسو تا حدودی به خواست‌های سیاسی و توسعه‌طلبانه روسیه و نفوذ سرمایه‌داری تجاری آن تحقق بخشید و از سوی دیگر، رقابت دو دولت توسعه‌طلب روسیه و انگلستان را تشدید کرد و عرصه‌های سیاسی و اقتصادی جامعه ایران را قریب به یکصد سال تحت تأثیر مستقیم و غیرمستقیم خویش قرار داد.