امام خمینی اگرچه اختلاف‌نظرهایی با آیت‌الله بروجردی داشت؛ اما همیشه احترام و ملاحظه شخصیت و مقام ایشان به عنوان مرجعیت عام شیعیان را داشت. امام خمینی هرگز به صورت علنی در مقابل آیت‌الله بروجردی به مخالفت برنخاست؛ بلکه تلاش در تقویت مرجعیت شیعه می‌نمود.

اختلاف سلیقه به‌خصوص میان دو فرد صاحب‌نظر را امری طبیعی خوانده‌اند. در روابط امام خمینی با آیت الله بروجردی نیز چنین اختلاف دیدگاه‌ها و سلیقه وجود داشت. آیت‌الله بروجردی اعتقاد به اصل ولایت فقیه داشت؛ ولی بر خلاف امام خمینی، محدوده کمتری برای آن قائل بود. آیت‌الله بروجردی زمانه را برای یک قیام بر علیه حکومت محمدرضا شاه فراهم نمی‌دید و بیشتر به تقویت حوزه علمیه قم اهتمام داشت.

شیوه خود آیت‌الله خمینی هم مؤثر بود که همیشه نسبت به توهین به آیت‌الله بروجردی حساس بود و بر احترام ظاهری تأکید داشت. سید هادی خسروشاهی روایت می‌کند همراه با شیخ رضا گل‌سرخی کاشانی که از اعضای فداییان اسلام، نزد آیت‌الله خمینی رفتند تا برای نجات جان نواب، پیش آیت‌الله بروجردی وساطت کند. وقتی گل‌سرخی اظهارات تندی علیه آیت‌الله بروجردی بیان می‌کند، آیت‌الله خمینی برمی‌آشوبد و تذکر می‌دهد که به مرجعیت کاری نداشته باشید. 

امام خمینی از جمله افرادی بود که از آیت الله بروجردی برای اقامت در قم و پذیرفتن ریاست حوزه علمیه قم، دعوت کرده و نقش مؤثری داشتند. پس از ورود آیت‌الله بروجردی به قم، امام خمینی در دروس ایشان شرکت می‌کردند. آیت‌الله بروجردی نیز در برخی مسائل با امام خمینی مشورت می‌کرد «از جمله قضیه آقای برقعی که در کنگره سوسیالیست‌ها در لوزان سوئیس شرکت کرده بود و مراسم استقبال او توسط توده‌ای‌ها موجب اعتراض گسترده روحانیون شده بود، آیت‌الله بروجردی خبرنگاران را به امام ارجاع می‌دادند.» همچنین آیت الله بروجردی برای رساندن پیام خود به محمدرضا شاه، امام خمینی را به عنوان نماینده به دربار فرستاد.

برخی از شرکت نکردن امام خمینی در تشییع پیکر آیت الله بروجردی، وجود اختلافات را نتیجه گرفته‌اند؛ اما محققان شرکت نکردن در تشییع جنازه را امر دیگری دانسته‌اند. شیخ محمدرضا توسلی که بعدها رئیس دفتر امام خمینی شد، داستان را چنین نقل کرده که با درگذشت آیت‌الله بروجردی، عده‌ای از شاگردان امام خمینی تصمیم گرفتند از این فرصت برای اعلام مرجعیت امام خمینی استفاده کنند و برای او تبلیغات داشته باشند. زمانی که امام خمینی متوجه این برنامه شدند، در مراسم تشییع جنازه حاضر نشدند.

امام خمینی: «من که به تشییع جنازه آقای بروجردی رحمه الله نیامدم، برای این نبود که کسالتم آن قدر شدید بود که نمی‌توانستم به تشییع بیایم. نیامدنم برای این بود که دیدم تشییع جنازه تبعاتی دارد، آنجا مسائلی مطرح خواهد شد و من برای خاطر آنکه از آن مسائل دور بمانم و کنار باشم، از تشییع جنازه صرف‌نظر کردم»