زمانی برای امضای قائم‌مقامی رهبری، خدمت حضرت آیت‌الله بهاءالدینی می‌رسند، ایشان امضا نمی‌کنند. هر چه از فرستادگان آقای منتظری اصرار، از ایشان انکار، تا آنجا که خود آقای منتظری، شخصا خدمت ایشان می‌رسد و تمام کتاب‌هایی را که درباره ولایت‌فقیه نوشته است، جلوی روی آقای بهاءالدینی می‌چیند. آیت‌الله بهاءالدینی تمام کتب را جمع می‌کنند و به آقای منتظری می‌گویند: 

«ولایت‌فقیه، نوشتنی نیست؛ فهمیدنی است». 

بعد که از ایشان می‌پرسند: آقا چرا او را تأیید نکردید، مگر شخص دیگری هم می‌تواند؟ 

می‌فرمایند: «نظر ما سیدعلی خامنه‌ای است.» 

امروز هم مستکبران از نام او (شهید سلیمانی) وحشت دارند، از یاد او وحشت دارند؛ ببینید در فضای مجازی - لابد بیشتر از من اطّلاع دارید دیگر؛ - با اسم او چه برخوردی دارند می‌کنند؛ این هم یک تنبیه دیگری است، تنبّه بیشتری است برای ما و مسئولین فضای مجازی کشور که بفهمند چه کار باید بکنند، تا دشمن نتواند هر جور دلش می‌خواهد، با هر جایی که دلش می‌خواهد رفتار کند و خب فضای مجازیِ موجود دنیا زیر کلید مستکبران است دیگر؛ از اسمش هم می‌ترسند و از تکثیر او وحشت دارند؛ الگو یعنی این؛ می‌ترسند که تکثیر بشود. ۱۴۰۰/۱۰/۱۱ 

بیانات در دیدار خانواده و ستاد سالگرد شهید سپهبد حاج قاسم سلیمانی 

مخالفت با آقای خامنه‌ای این ذخیره الهی، کار ساده‌ای نیست. آیت‌الله سید رضا بهاءالدینی در باره امام خامنه‌ای، مطالب جالبی فرموده‌اند که به چند جمله از آن اشاره می‌شود. ایشان می‌فرمایند: «از همان زمان، رهبری را در آقای خامنه‌ای می‌دیدم؛ چرا که ایشان ذخیره الهی برای بعد از امام بوده است. باید او را در اهدافش یاری کنیم. باید توجه داشته باشیم که مخالفت با ولایت‌فقیه، کار ساده‌ای نیست». دید ما و حرف ما این است: آقای خامنه‌ای را باید کمک کرد. آیت ا.. بهاءالدینی در جلسه‌ای دیگر می‌فرمایند: «آقای خامنه‌ای را باید کمک کرد. ایشان را کمک کنید. دید ما و حرف ما این است» 

حجت‌الاسلام سجادی، (مدیر مدرسه علمیه آیت‌ا... حکیم اصفهان) با اشاره به دیدار خود با حضرت آیت‌ا... سیستانی در نجف، به خبرنگار مرکز خبر حوزه، گفت: 

این دیدار، مدتی قبل و پس از اغتشاشات انجام گرفت. حضرت آیت‌ا... سیستانی در آن دیدار تاکید داشتند که «هرگاه حکومت ایران تضعیف شود، سایر حکومت‌ها، محدودیت‌هایی را برای شیعیان ایجاد می‌کنند».

حدود دو سال پیش، تعدادی از طلاب نجف که معارض با جمهوری اسلامی ایران بودند، تصمیم گرفتند شهریه مقام معظم رهبری را نگیرند، حضرات آیات سیستانی و حکیم از مراجع تقلید مقیم نجف، تصریح کردند: شهریه ما را هم به آن‌ها ندهید.

محمد‌نبي حبيبي- دبيركل حزب مؤتلفه اسلامي  -  سال 1389 به خدمت حضرت آيت‌ا... العظمی سید علی سيستاني مشرف شدند. وی از حضرت آيت‌ا... سيستاني، مرجع تقلید جهان تشیع، کسب تکلیف می نماید که آن بزرگ و بزرگوار در جواب فرمودند: «كساني كه مي‌خواهند براي اسلام و مسلمين خدمت كنند، بايد همه همتشان را حول محور ولايت صرف كنند!  بايد همه همتشان را در حول محور ولايت صرف كنند»! [ اين جمله را دوبار تكرار كردند]. 

آيت ا... مرتضي اشرفي شاهرودي می گفتند: در ايام فروردين امسال که به عتبات عاليات مشرف شده بودم، در نجف اشرف، جلسه 45 دقيقه‌اي خصوصي با آيت‌ا... العظمی سيستاني داشتم. اين مرجع معظم تقليد، در اين جلسه گفتند‌:« احاطه و اشراف من به قضاياي ايران، از شما هم بيش‌تر است.»