حضرت آیتا ... بهجت، در پاسخ به شبهه یکی از حاضران در جلسهای، مبنی بر این که حضرت آیتا ... خامنهای برای رهبری جوان هستند، جواب جالب و پرمعنایی دادهاند.
حجتالاسلاموالمسلمین علی بهجت (فرزند حضرت آیتا ... العظمی بهجت) خاطرهای را درباره نظر ایشان راجع به انتخاب حضرت آیتا ... خامنهای به رهبری انقلاب، نقل کرده است.
بعد از انتخاب رهبر انقلاب اسلامی از سوی خبرگان ملت، حضرت آیت‌الله محمدعلی اراکی (ره) در پیامی خطاب به حضرت ایشان فرمودند:
«انتخاب شایسته حضرتعالی، مایه دلگرمی و امیدواری ملت قهرمان ایران است».
رهبر معظم انقلاب نیز در اسفندماه سال ۱۳۷۰ با آیت اللَّه العظمی اراکی دیدار داشتند. در این دیدار، رهبر انقلاب از القاب و تعابیری برای آن مرجع بزرگ و عالی‌قدر استفاده می‌کنند که این، نهایت ادب و چگونگی رفتار نسبت به مراجع را می‌رساند.
حجتالاسلاموالمسلمین دکتر مرتضی آقاتهرانی - که به تصریح خودش، علاقه‌ای به شرکت در انتخابات مجلس نداشته، بعد از مشاوره با استادان و به نتیجه نرسیدن، تصمیم می‌گیرد که از آیت ا... العظمی بهجت (ره) مشورت بگیرد. آن عارف حق‌بین و ولایت‌مدار، چند سطری برای دکتر آقاتهرانی می‌نویسند که در ابتدای آن چنین آمده: «اگر می‌دانی به گناه می‌افتی، ورود شما به مجلس حرام است؛ [والا] به مجلس بروید! اما تلاش نکنید اول باشید، همیشه خودتان را دوم قرار دهید! ... در مجلس، وظیفه شما این است که خواسته‌های زعیم را، بدانی و دقیقاً به خواسته‌های او عمل کنی. والسلام».
