عارف بزرگ، مرحوم آیت‌الله‌العظمی بهاءالدینی، احترام خاصی برای مقام معظم رهبری قائل بودند.
یکی از روزها که امام خامنه‌ای – حفظه الحفیظ – به مسجد مقدس جمکران مشرف شده بودند، حدود ساعتِ دو شب، به حضرت آیت‌الله‌العظمی بهاءالدینی خبر می‌دهند که آقا می‌خواهند که صبح بعد از نماز، به خانه شما تشریف بیاورند.
تیم حفاظت، ساعت چهار صبح برای آماده‌کردن شرایط به خانه ایشان می‌روند که متوجه می‌شوند آقای بهاءالدینی- پیرمرد نود ساله - جلوی در خانه ایستاده‌اند! می‌گویند: آقا! چرا با این کهولت سن اینجا تشریف دارید؟! ایشان می‌فرمایند:
آیت‌الله‌العظمی بهاءالدینی، مقام معظم رهبری را «ودیعة‌الله» می‌دانستند. حجت‌الاسلام علیرضا پناهیان در مراسم احیای شب بیست و سوم ماه مبارک رمضان در شبستان امام خمینی حرم مطهر حضرت معصومه با بیان این‌که باید قدر علما و مراجع بزرگواری را دانست که امتحانات خود را به‌خوبی پس دادند، به خاطره‌ای از عیادت مقام معظم رهبری از آیت‌الله بهاءالدینی از زبان داماد این عالم ربانی اشاره کرد و گفت:
حجت‌الاسلام‌والمسلمین غلامرضا قاسمیان - از استادان حوزه و دانشگاه – در مسجد دانشگاه صنعتی شریف- ۹ دی ۱۳۸۸ گفتند:
این جمله را ما از آقای امجد شنیدیم که ایشان از آیت‌الله سید رضا بهاءالدینی نقل کردند: در سال 1365ش که تلاش دفتر منتظری برای جانشین‌کردن او سخت پیگیری می‌شد، آیت‌الله بهاءالدینی گفتند که:
«خیلی‌ها دارند برای ولایت تلاش می‌کنند؛ ولی ولایت منحصرا برای همین سید علی است».
آقای امجد می‌گفت: آن موقع کسی – این پیش‌بینی - باورش نمی‌شد.
زمانی برای امضای قائم‌مقامی رهبری، خدمت حضرت آیت‌الله بهاءالدینی می‌رسند، ایشان امضا نمی‌کنند. هر چه از فرستادگان آقای منتظری اصرار، از ایشان انکار، تا آنجا که خود آقای منتظری، شخصا خدمت ایشان می‌رسد و تمام کتاب‌هایی را که درباره ولایت‌فقیه نوشته است، جلوی روی آقای بهاءالدینی می‌چیند. آیت‌الله بهاءالدینی تمام کتب را جمع می‌کنند و به آقای منتظری می‌گویند:
«ولایت‌فقیه، نوشتنی نیست؛ فهمیدنی است».
بعد که از ایشان می‌پرسند: آقا چرا او را تأیید نکردید، مگر شخص دیگری هم می‌تواند؟
امروز هم مستکبران از نام او (شهید سلیمانی) وحشت دارند، از یاد او وحشت دارند؛ ببینید در فضای مجازی - لابد بیشتر از من اطّلاع دارید دیگر؛ - با اسم او چه برخوردی دارند می‌کنند؛ این هم یک تنبیه دیگری است، تنبّه بیشتری است برای ما و مسئولین فضای مجازی کشور که بفهمند چه کار باید بکنند، تا دشمن نتواند هر جور دلش می‌خواهد، با هر جایی که دلش می‌خواهد رفتار کند و خب فضای مجازیِ موجود دنیا زیر کلید مستکبران است دیگر؛ از اسمش هم می‌ترسند و از تکثیر او وحشت دارند؛ الگو یعنی این؛ می‌ترسند که تکثیر بشود. ۱۴۰۰/۱۰/۱۱
بیانات در دیدار خانواده و ستاد سالگرد شهید سپهبد حاج قاسم سلیمانی
مخالفت با آقای خامنه‌ای این ذخیره الهی، کار ساده‌ای نیست. آیت‌الله سید رضا بهاءالدینی در باره امام خامنه‌ای، مطالب جالبی فرموده‌اند که به چند جمله از آن اشاره می‌شود. ایشان می‌فرمایند: «از همان زمان، رهبری را در آقای خامنه‌ای می‌دیدم؛ چرا که ایشان ذخیره الهی برای بعد از امام بوده است. باید او را در اهدافش یاری کنیم. باید توجه داشته باشیم که مخالفت با ولایت‌فقیه، کار ساده‌ای نیست». دید ما و حرف ما این است: آقای خامنه‌ای را باید کمک کرد. آیت ا.. بهاءالدینی در جلسه‌ای دیگر می‌فرمایند: «آقای خامنه‌ای را باید کمک کرد. ایشان را کمک کنید. دید ما و حرف ما این است»
حجت‌الاسلام سجادی، (مدیر مدرسه علمیه آیت‌ا... حکیم اصفهان) با اشاره به دیدار خود با حضرت آیت‌ا... سیستانی در نجف، به خبرنگار مرکز خبر حوزه، گفت:
این دیدار، مدتی قبل و پس از اغتشاشات انجام گرفت. حضرت آیت‌ا... سیستانی در آن دیدار تاکید داشتند که «هرگاه حکومت ایران تضعیف شود، سایر حکومت‌ها، محدودیت‌هایی را برای شیعیان ایجاد می‌کنند».
حدود دو سال پیش، تعدادی از طلاب نجف که معارض با جمهوری اسلامی ایران بودند، تصمیم گرفتند شهریه مقام معظم رهبری را نگیرند، حضرات آیات سیستانی و حکیم از مراجع تقلید مقیم نجف، تصریح کردند: شهریه ما را هم به آنها ندهید.
