حضرت فاطمه زهرا (سلام الله علیها)  قبل از شهادت، وصیت کرده بود دوست ندارد افرادی که به ایشان ستم کردند و اسباب خشم و غضب ایشان را فراهم کردند، بر پیکرشان نماز بخوانند و در تشییع ایشان حاضر شوند؛ از این رو خواسته بودند ایشان را مخفیانه تشییع و دفن کنند و محل دفن ایشان مخفی بماند. به گفته مورخان، امیرالمومنین علی (علیه السلام) به کمک اسماء بنت عُمیس، همسرشان را غسل دادند و خود بر پیکرشان نماز خواندند. به غیر از امیرالمومنین  علی (علیه السلام) چند نفر دیگر نیز در نماز شرکت کردند که در مورد تعداد و نام افراد، اختلاف وجود دارد. منابع تاریخی، امام حسن، امام حسین، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان، ابوذر، عمار، عقیل، زبیر، عبدالله بن مسعود و فضل بن عباس را افرادی دانسته‌اند که در این نماز شرکت داشتند. 

امیرالمومنین علی (علیه السلام) پس از دفن، آثار قبر بودن را از بین بردند تا قبر مشخص نباشد. علاوه بر نامعلوم بودن مکان دقیق قبر، در کلیت مکانی که قبر در آن قرار دارد نیز نقل‌های مختلفی وجود دارد:

برخی محل دفن حضرت فاطمه (سلام الله علیها) را در روضة النبی دانسته‌اند.

خانه حضرت فاطمه و امیرالمومنین علی (علیه السلام) مکان دیگر محل دفن معرفی شده است. این مکان با گسترش مسجدالنبی در زمان بنی‌امیه، بخشی از مسجد قرار گرفت.

برخی منابع به صورت مطلق قبرستان بقیع را به عنوان محل دفن حضرت فاطمه ذکر کرده‌اند. 

خانه عقیل بن ابی‌طالب مکان دیگری است که منابع آن را محل دفن حضرت فاطمه دانسته‌اند. خانه عقیل، خانه‌ای بزرگ، در کنار قبرستان بقیع بود و پس از دفن شدن پیکر فاطمه بنت اسد، عباس بن عبدالمطلب و تعدادی از امامان شیعه از حالت مسکونی به صورت زیارتگاه عمومی تغییر یافت.