جعفر در حبشه، از اسماء بنت عمیس، صاحب سه پسر به نام‌های عبدالله، محمد و عون شد. به موجب گزارشی، محمد و عون در واقعه کربلا یا در صفین به شهادت رسیدند. اما مطابق سخن برخی محققان، محمد با امیرمؤمنان به کوفه رفت و در نبرد صفین شهید شد و آنکه در کربلا حضور داشته، محمد بن عبدالله بن جعفر است. گفته شده قاسم بن محمد بن جعفر نیز در کربلا شهید شده است.

نسل جعفر از عبدالله تداوم یافت. وی نخستین فرزند مسلمانان در حبشه، و میان مسلمانان از جایگاه ویژه‌ای برخوردار بود. به نقلی عون و محمد، در جریان فتوحات در ایران، در شوشتر به شهادت رسیدند. از نسل جعفر، کسانی از اصحاب و راویان ائمه (علیهم‌السّلام) بودند. داوود بن قاسم بن اسحاق، اسماعیل بن عبدالله بن جعفر از تابعین و اصحاب امام سجاد (علیه‌السّلام)، جعفر بن ابراهیم بن محمد، صالح بن منصور بن عبدالله و ابراهیم بن علی بن عبدالله از آن جمله‌اند.

برخی از نسل جعفر به امارت حرمین رسیدند؛ از آن جمله است: اسحاق بن محمد ابن یوسف جعفری در سال ۲۷۱ق، موسی بن محمد بن یوسف پس از درگذشت اسحاق و سلیمان بن محمد بن یوسف که همگی در مدینه امارت داشتند. محمد بن حسن بن معاویه بن عبدالله نیز از سوی نفس زکیه، در سال ۱۴۵ق والی مکه شد.

نسل جعفر به آل جعفر شهرت دارند. آنان موقوفاتی در حرمین داشته و در برخی سال‌ها، بر سر اداره آن‌ها منازعه داشتند. برخی از آنان در حضرموت ساکن شدند و با تیره‌هایی چون آل کده نزاع‌هایی داشتند. فرزندان جعفر در اُثیل، میان بدر و صفراء، چشمه‌ای داشتند.