یکی از ادعاهای نادرستی که از بدو پیروزی انقلاب اسلامی درباره پیشینه ولایت فقیه و اعتبار نظام مبتنی بر آن در اندیشه علمای اسلام مطرح شد، این ادعاست که ولایت‌فقیه ساخته و پرداخته امام خمینی (ره) است و تا قبل از ایشان کسی چنین نظریه‌ای را مطرح نکرده بود! این درحالی است که با نگاهی اجمالی به آثار فقهای گذشته، روشن می‌شود که مسئله ولایت‌فقیه موضوعی برجسته در فکرِ فقهی علمای شیعه بوده است که عمر آن به صدها سال پیش از ظهور امام خمینی (ره) می‌رسد. به طور مثال محقق کرکی، عالم برجسته عصر صفوی در رساله «صلاة جمعه» خود تصریح می‌کند که فقهای شیعه اتفاق نظر دارند که عالم جامع‌الشرایط از طرف حضرت پیشوای معصوم در انجام اموری که به عهده امام است، دارای ولایت است. یا مقدس اردبیلی در کتاب «مجمع‌الفائدة و البرهان» بیان می‌دارد که فقیه، جانشین امام معصوم است و آن چه که از طرف مردم به او می‌رسد، مانند آن است که به خدمت امام زمان رسیده است. علامه حلی هم در کتاب «نهایة‌الاحکام» می‌گوید فقیه، نائب امام زمان است و می‌تواند تمام شئون امامت را در عصر غیبت عهده‌دار شود. سایر فقهای شیعه هم در لابه‌لای آثارشان به شکل مستقیم و غیرمستقیم به این مسئله اشاره داشته‌اند. از دیدگاه علمای شیعه،  ولایت‌فقیه حکمی الهی است که از سوی امام معصوم ابلاغ شده است. آن چه که امام خمینی (ره) درباره ولایت‌فقیه انجام داد، کشاندن این موضوع از عرصه نظر به ساحت عمل بود. به تعبیری هنر امام خمینی (ره) این بود که تئوری ولایت‌فقیه را در قالب حکومت اسلامی در عصر جدید ارائه داد و برخلاف گذشتگان، این توفیق را یافت که عینیتی اساسی از ولایت‌فقیه در عالم سیاست نشان دهد. البته طرح امام خمینی (ره) از ولایت‌فقیه یکسری ویژگی‌های منحصر به فرد را هم شامل می‌شد. به طور مثال امام خمینی بر جنبه‌های عقلی و فطری ولایت‌فقیه تأکید داشتند، چیزی که تا پیش از آن از سوی علمای شیعه مطرح نمی‌شد. امام خمینی بر خلاف سایر فقها، باوجود پرداختن به ادله روایی ولایت‌فقیه، اما اساس ولایت‌فقیه را امری عقلی و فطری معرفی می‌کنند: «ولایت فقیه از موضوعاتى است که تصور آنها موجب تصدیق مى‌شود و چندان به برهان احتیاج ندارد. به این معنى که هر کس عقاید و احکام اسلامى را، حتى اجمالا، دریافته باشد چون به ولایت فقیه برسد و آن را به تصور آورد، بى‌درنگ تصدیق خواهد کرد، و آن را ضرورى و بدیهى خواهد شناخت.» امام به خوبی این موضوع را تبیین کردند که برای بقا و اجرای احکام اسلامی، ما محتاج تشکیل حکومت هستیم: «مجموعه قانون، براى اصلاح جامعه کافى نیست. براى این که قانون مایه اصلاح و سعادت بشر شود، به قوه اجرائیه و مجرى احتیاج دارد. به همین جهت، خداوند متعال در کنار فرستادن یک مجموعه قانون، یعنى احکام شرع، یک حکومت و دستگاه اجرا و اداره مستقر کرده است. رسول اکرم (صل الله علیه وآله وسلم) در رأس تشکیلات اجرایى و ادارى جامعه مسلمانان قرار داشت. علاوه بر ابلاغ وحى و بیان و تفسیر عقاید و احکام و نظامات اسلام، به اجراى احکام و برقرارى نظامات اسلام همت گماشته بود تا دولت اسلام را به وجود آورد.» برخلاف دیدگاه شبهه افکنان،  چنین حکومتی هیچ وجه مشترکی با حکومت‌های استبدادی ندارد. زیرا حکومت مبتنی بر ولایت فقیه، اساسا برای مقابله با استبداد تاسیس شده است.