یکی دیگر از فضیلت‌های جناب جعفر بن ابی‌طالب، جریان شهادت ایشان است. رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) در جنگ موته سه نفر را به عنوان امیر سپاه تعیین کردند و جناب جعفر را به عنوان اولین فرمانده تعیین نمودند (سلیم بن قیس، کتاب سلیم، ج2، ص844؛ ابن شهر آشوب، مناقب آل ابی‌طالب، ج1، ص205؛ ابن هشام، السیرة النبویة، ج5، ص35) که در صورت شهادت یک نفر، دیگری به عنوان امیر سپاه باشد. البته برخی منابع، زید بن حارثه را فرمانده اول می‌دانند. هر سه نفر در این جنگ به فیض شهادت نائل شدند. رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) شهادت جناب جعفر را به خانواده‌اش خبر داده و فرمودند: خداوند برای جعفر دو بال قرار داده که با آن در بهشت پرواز می‌کند (طبرسی، اعلام الوری باعلام الهدی، ج1، ص214). بر همین اساس لقب طیار به جناب جعفر اعطا شد.

از شیخ صدوق نقل شده که رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) در واپسین لحظات عمر شریفشان، به حضرت زهرا (سلام الل علیها) فرمودند: «... دخترم ما خاندانی هستیم که خداوند شش خصلت به ما عنایت کرده که به هیچ‌کس از اولین و آخرین ارزانی نفرموده است» و حضرت به شش نفر اشاره کردند تا آنکه حضرت زهرا (سلام الله علیها) فرمودند: «کدام‌یک از اینها افضل است؟» حضرت فرمودند: «پس از من، علی (علیه السلام) افضل است و پس از علی و تو و دو فرزندم حسن و حسین (علیهم السلام) و اوصیای بعد از این پسرم – به حسین (علیه السلام)  اشاره کردند - که مهدی (عج) هم از آن‌ها است، حمزه و جعفر با فضیلت‌ترین افراد از خاندانم هستند. ما خاندانی هستیم که خداوند آخرتمان را بر دنیا برگزیده است.» (ابن بابویه، کمال الدین و تمام النعمة، ج1، ص263). از این دسته روایات روشن می‌شود که جناب جعفر طیار از جهت فضیلت و برتری در رتبه پس از معصومین (علیهم السلام) قرار دارد.