علی بن عبدالله زنوزی، مشهور به آقا علی مدرس طهرانی و ملقب به حکیم مؤسس، فرزند و شاگرد ملا عبدالله زنوزی، در 1234ق. در اصفهان تولد یافت. در سه سالگی با پدرش به تهران مهاجرت کرد. در آنجا تحصیلات مقدماتی را به پایان رساند و در محضر پدر سطوح فلسفه و کلام شیعی را فرا گرفت. سپس به عتبات عالیات سفر کرد و به فراگرفتن علوم منقول پرداخت. پس از آن به ایران بازگشت و در اصفهان به تکمیل علوم معقول، مخصوصاً در محضر میرزا حسن نوری  و سید رضی لاریجانی، پرداخت. چندی نیز در قزوین محضر ملاآقا قزوینی را درک کرد. در 1270، پس از اتمام تحصیلاتش در علوم عقلی، به تدریس در تهران پرداخت و هفت سال در مدرسه قاسم‌خان، مدتی در منزل خویش و متجاوز از بیست سال در مدرسه سپهسالار، مدرّس رسمی علوم معقول و منقول بود، اگر چه تخصص و شهرتش در فلسفه بود. او نه تنها کتب ملاصدرا، از قبیل اسفار، شرح الهدایة الاثیریة، المبدأ و المعاد و الشواهد الربوبیه را تدریس می‌کرد؛ بلکه شواهدی در دست است که متن شفا و حکمة الاشراق را نیز تعلیم می‌داده است. آقاعلی پس از عمری بسیار پربار، چه از لحاظ تألیف و چه از لحاظ تربیت شاگردان برجسته، در 1307ق. در تهران درگذشت.

آثار باقیمانده از او عبارت‌اند از:

بدایع الحکم؛ تعلیقات بسیار مهمی بر اسفار و الشواهدالربوبیه و شرح الهدایه الاثیریه؛ مقدمه بر مفاتیح الغیب ملاصدرا؛ تعلیقات بر شوارق الالهام لاهیجی و لمعات الهیه ملاعبدالله زنوزی و تعدادی رساله مستقل در مسائل گوناگون حکمت

مهم‌ترین اثر او، بدایع الحکم به زبان فارسی است. بدایع الحکم در واقع سرآغاز بحث درباره فلسفه تطبیقی در دوران جدید در تاریخ فلسفه اسلامی است و از اهمیت تاریخی برخوردار است.

کنت دو گوبینو، سفیر فرانسه در ایران که ضمناً فیلسوف نیز بود، با آقاعلی رفت و آمد داشت و گویا او را برای تدریس فلسفه اسلامی به فرانسه دعوت کرد؛ ولی آقاعلی نپذیرفت. آقاعلی به مطالب فلسفی مطرح در غرب نیز توجه داشت. علاقه او به کسب اطلاعات درباره فلسفه در غرب علاوه بر گزارش گوبینو، از طریق میرزاحسن‌خان اعتمادالسلطنه که با او رفت و آمد نزدیک داشت، و بدیع‌الملک میرزا عمادالدوله که سؤالات مطروح در بدایع الحکم را به او عرضه داشت، نیز قابل پیگیری است.

علامه طباطبایی، آقاعلی را سرآغاز گفت و شنود فلسفی بین شرق و غرب در دوران جدید می‌دانست.

آقاعلی گرچه از بزرگ‌ترین شارحان ملاصدرا و ادامه دهنده حکمت متعالیه در عصر قاجار بود، در مباحث معاد جسمانی، اعتبارات ماهیت، معقولات ثانیه فلسفی، حرکت جوهری و مطالب مهم دیگرِ حکمت متعالیه، نظریات بدیعی از خود به جا گذاشته است. وی به‌اندازه حاج ملاهادی سبزواری شهرت نداشت؛ ولی خلاقیت فلسفی او، از سبزواری بیشتر بود.