روز 13 مهر ماه 1344 حضرت امام به همراه فرزندشان آیت الله حاج آقا مصطفی از ترکیه به تبعیدگاه دوم، کشور عراق اعزام شدند. علل و انگیزهها از تغییر محل تبعید امام عمدتاً عبارت بودند از: فشارهای مداوم جامعه مذهبی و حوزههای علمیه داخل و خارج و تلاشها و تظاهرات دانشجویان مسلمان خارج کشور برای آزادی امام، تلاش رژیم شاه برای عادی جلوه دادن اوضاع و اقتدار و ثبات خویش به منظور جلب حمایت بیشتر آمریکا، مشکلات امنیتی و روانی دولت ترکیه و افزایش فشارهای داخلی جامعه مذهبی ترکیه و از همه مهمتر تصور رژیم شاه از اینکه فضای ساکت و سیاست ستیز آن ایام در حوزه نجف و وضعیت رژیم حاکم بر بغداد، خود مانعی بزرگ برای محدود نمودن فعالیتهای امام خمینی خواهد بود.
استقبال پر شور طلاب و مردم از ایشان در شهرهای مذکور، خود بیانگر آن بود که بر خلاف تصور رژیم شاه، پیام نهضت 15 خرداد در عراق و نجف نیز هوادارانی یافته است.
دوران اقامت طولانی و 13 ساله امام خمینی در نجف در شرایطی آغاز شد که هر چند در ظاهر فشارها و محدودیتهای مستقیم در حد ایران و ترکیه وجود نداشت؛ اما مخالفتها و کارشکنیها آنچنان گسترده و آزار دهنده بود که امام با همه صبر و بردباری معروفش، بارها از سختی شرایط مبارزه در این سالها به تلخی تمام یاد کرده است. ولی هیچیک از این مصائب و دشواریها نتوانست او را از مسیری که آگاهانه انتخاب کرده بود، باز دارد.
امام خمینی سلسله درسهای خارج فقه خویش را با همه مخالفتها و کارشکنیهای عناصر مغرض در آبان 1344 در مسجد شیخ انصاری (ره) نجف آغاز کرد، که تا زمان هجرت از عراق به پاریس ادامه داشت.
امام خمینی در تمام دوران پس از تبعید، علیرغم دشواریهای پدید آمده، هیچگاه دست از مبارزه نکشید، و با سخنرانیها و پیامهای خویش، امید به پیروزی را در دلها زنده نگاه میداشت.
امام خمینی در پیامی (17 خرداد 1346) به مناسبت جنگ شش روزه اعراب و اسرائیل، فتوای انقلابی خویش را مبنی بر حرمت هرگونه رابطه تجاری و سیاسی دولتهای اسلامی با اسرائیل، و حرمت مصرف کالاهای اسرائیلی در جوامع اسلامی را صادر کرد.
در همین زمان (خرداد 1346) بود که قصد رژیم دایر بر تبعید امام از نجف به هندوستان با افشاگری و تلاش و مخالفت گروههای سیاسی مبارز خارج و داخل کشور عقیم ماند.
با روی کار آمدن حزب بعث (26 تیرماه 1347) در عراق و دشمنی این حزب با حرکتهای اسلامی، دشواریهای بیشتری فرا روی نهضت امام خمینی پدید آمد؛ اما حضرت امام دست از مبارزه نکشید.
امام خمینی در گفتگویی با نماینده سازمان الفتح فلسطین در 19 مهر 1347 دیدگاههای خویش را درباره مسائل جهان اسلام و جهاد ملت فلسطین تشریح کرد و در همین مصاحبه بر وجوب اختصاص بخشی از وجوه شرعی زکات به مجاهدان فلسطینی فتوا داد.
30 مرداد 1348 قسمتی از مسجدالاقصی بوسیله صهیونیستهای افراطی به آتش کشیده شد. شاه که تحت فشار افکار عمومی قرار داشت، با پیشنهاد قبول هزینه تعمیر مسجد به کمک اسرائیل شتافت تا از استمرار خشم مسلمانان کاسته شود. امام خمینی در پیامی، فریبکاری شاه را افشاء کرد.
چهار سال تدریس، تلاش و روشنگری امام خمینی توانسته بود تا حدودی فضای حوزه نجف را دگرگون سازد. در سال 1348 علاوه بر مبارزین بی شمار داخل کشور، مخاطبین زیادی در عراق، لبنان و دیگر بلاد اسلامی بودند که نهضت امام خمینی را الگوی خویش میدانستند. حضرت امام سلسله درسهای خویش را درباره حکومت اسلامی یا ولایت فقیه در بهمن 1348 آغاز کرد. انتشار مجموعه این درسها در قالب کتابی تحت عنوان «ولایت فقیه» یا «حکومت اسلامی» در ایران و عراق و لبنان و در موسم حجّ، شور تازهای به مبارزه میداد.