بعد از انتخاب رهبر انقلاب اسلامی از سوی خبرگان ملت، حضرت آیت‌الله محمدعلی اراکی (ره) در پیامی خطاب به حضرت ایشان فرمودند:
«انتخاب شایسته حضرتعالی، مایه دلگرمی و امیدواری ملت قهرمان ایران است».
رهبر معظم انقلاب نیز در اسفندماه سال ۱۳۷۰ با آیت اللَّه العظمی اراکی دیدار داشتند. در این دیدار، رهبر انقلاب از القاب و تعابیری برای آن مرجع بزرگ و عالی‌قدر استفاده می‌کنند که این، نهایت ادب و چگونگی رفتار نسبت به مراجع را می‌رساند.
رهبر انقلاب اسلامی در این دیدار فرمودند: ما دعاگوی وجود شریف حضرت‌عالی هستیم. خداوند ان‏شاءاللَّه ادعیة زاکیة حضرت‌عالی را، در حق ما و مردم مستجاب کند. خداوند ان شاءاللَّه وجود شریف حضرت‌عالی ر، برای ما محفوظ بدارد. خدا را شکر می‏کنیم که ما را روحاً و قلباً، قدردان وجود حضرت‌عالی و این نعمت‌های بزرگی که بحمداللَّه در اختیار مردم ایران هستند - که شما ذخیره‏ی الهی بودید و هستید - قرار داده است. ان شاءاللَّه که وجود شریفتان، همیشه سالم و بانشاط باشد و مردم از انوار وجود شما استفاده کنند. ما، محتاج دعای شما هستیم. این‏که می‏فرمایید «ما را دعا می‏کنید»، واقعاً ازته‌دل ما را خوشحال می‏کند.
(کتاب جلوه آفتاب به قلم علی احمدی خواه)