بعد از انتخاب رهبر انقلاب اسلامی از سوی خبرگان ملت، حضرت آیتالله محمدعلی اراکی (ره) در پیامی خطاب به حضرت ایشان فرمودند:
«انتخاب شایسته حضرتعالی، مایه دلگرمی و امیدواری ملت قهرمان ایران است».
رهبر معظم انقلاب نیز در اسفندماه سال ۱۳۷۰ با آیت اللَّه العظمی اراکی دیدار داشتند. در این دیدار، رهبر انقلاب از القاب و تعابیری برای آن مرجع بزرگ و عالیقدر استفاده میکنند که این، نهایت ادب و چگونگی رفتار نسبت به مراجع را میرساند.
حجتالاسلاموالمسلمین دکتر مرتضی آقاتهرانی - که به تصریح خودش، علاقهای به شرکت در انتخابات مجلس نداشته، بعد از مشاوره با استادان و به نتیجه نرسیدن، تصمیم میگیرد که از آیت ا... العظمی بهجت (ره) مشورت بگیرد. آن عارف حقبین و ولایتمدار، چند سطری برای دکتر آقاتهرانی مینویسند که در ابتدای آن چنین آمده: «اگر میدانی به گناه میافتی، ورود شما به مجلس حرام است؛ [والا] به مجلس بروید! اما تلاش نکنید اول باشید، همیشه خودتان را دوم قرار دهید! ... در مجلس، وظیفه شما این است که خواستههای زعیم را، بدانی و دقیقاً به خواستههای او عمل کنی. والسلام».