پیامبر اسلام تعدادی از صحابه را مسئول کتابت قرآن کردند تا با دقت به ثبت، ضبط و نگارش قرآن کریم بپردازند. امیرالمومنین علی (علیه السلام) جزو کاتبان وحی بودند و ابوبکر، عمر بن خطاب، عثمان بن عفان، زید بن ثابت، ابی بن کعب، حنظله بن ربیع، خالد بن ولید، ثابت بن قیس و… از کاتبان مشهور قرآن کریم در زمان پیامبر (صلی الله علیه وآله وسلم) بودند.

در مورد جمع‌آوری قرآن در زمان پیامبر، دو نظریه وجود دارد. برخی معتقدند پس از رحلت پیامبر (صلی الله علیه وآله وسلم) ترتیب سوره‌ها و آیات، بر اساس اجتهاد و رأی صحابه انجام گرفت.

در مقابل، برخی معتقدند ترتیب سوره‌ها و آیات در زمان پیامبر تنظیم شده است. از ابن‌عباس نقل شده که پیامبر (صلی الله علیه وآله وسلم) با نزول بسم الله الرحمن الرحیم می‌دانستند که سوره قبلی پایان یافته و سوره دیگری آغاز گشته است.

آیت الله خویی معتقد است قرآن در عصر پیامبر جمع‌آوری و تنظیم گردیده است. آیت الله معرفت معتقد بود، جمع و تألیف قرآن به شکل کنونی در یک زمان صورت نگرفته؛ بلکه به مرور زمان و به دست افراد و گروه‌های مختلف انجام شده است. ترتیب، نظم و عدد آیات در هر سوره در زمان پیامبر اکرم (صلی الله علیه وآله وسلم) و با دستور ایشان انجام شده و توقیفی است و باید آن را پذیرفت.

عالمان تفسیر و علوم قرآنی معتقدند از توقیفی بودن همه آیات نمی‌توان دفاع کرد. به نظر برخی از مفسران، با اینکه ترتیب آیات بیشتر سوره‌های قرآن کریم، توقیفی است؛ ولی تعداد سوره‌هایی که تنظیم بعضی از آیات آن‌ها به اجتهاد و رأی صحابه صورت گرفته، کم نیست. این افراد همچنین معتقدند ترتیب برخی آیات که به صورت متفرق نازل شده، بدون دخالت اجتهادی صحابه نبوده است.