علامه مجلسی درباره مختار ثقفی توقف کرده و نظر قطعی نداده است. علامه مجلسی معتقد است که مختار خطاهایی داشته و از نظر ایمان و یقین کامل نبوده است و همچنین در انتقام از قاتلان امام حسین (علیه السلام) اذن از ائمه نداشته است. از طرف دیگر انتقام او، خیر بسیار داشته، ائمه معصوم و شیعیان را شاد کرده و همین می‌تواند سبب شود تا مورد شفاعت قرار گیرد. علامه مجلسی نظر خود درباره مختار را در بخش «احوال المختار و ما جری علی یدیه» به‌عنوان قسمتی از «تاریخ الحسین بن علی سیدالشهداء (علیه السلام)»، و در ذیل بیان مفصل تاریخ حیات، قیام و دولت مختار ابراز کرده است. مجلسی، عمل مختار در جریان درگیرهای امام حسن (علیه السلام) با معاویه بن ابی‌سفیان مبنی بر ارائه مشورت به عمویش، سعد بن مسعود ثقفی، برای تسلیم کردن امام حسن (علیه السلام) به معاویه را مذمت می‌کند. مجلسی نظر نهایی خود درباره مختار را در تفسیر یکی از روایات درباره مختار آورده است. این روایت از امام صادق (علیه السلام) نقل شده: زمانی که در روز قیامت رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) کناره آتش جهنم عبور می‌کنند و به همراه ایشان امیرالمومنین علی، امام حسن و امام حسین (علیهم السلام) هستند، گرفتاری در آتش سه بار فریاد بر می‌آورد که ای رسول خدا به فریاد من برس! رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) به او اعتنا نمی‌کنند. سپس آن فرد سه مرتبه فریاد می‌آورد که یا امیرالمؤمنین به فریادم برس! حضرت جوابش نمی‌دهد. پس از آن سه مرتبه فریاد برمی‌آورد که یا حسین به فریادم برس؛ من قاتل دشمنان تو هستم. رسول خدا خطاب به فرزندش حسین می‌گوید که تو را صدا می‌زند و به تو پناه آورده است. امام حسین (علیه السلام) او را از آتش جهنم می‌رهاند. راوی از امام صادق (علیه السلام) می‌پرسد که آن گرفتار در عذاب چه کسی بود و امام (ع) می‌فرمایند که او مختار است. راوی از امام می‌پرسد که مختار چرا عذاب می‌شود در حالی که انتقام از دشمنان اهل‌بیت (علیهم السلام) گرفت. امام می‌فرمایند: در دل مختار چیزی بود که اخلاص کامل اعمال او را مخدوش می‌کرد. علامه مجلسی این روایت را جمعی میان روایات دانسته که در موضوع عاقبت و حقیقت کار مختار وارد شده است. مجلسی در ادامه مختار را داخل در ذیل حکم آیه وَآخَرُونَ اعْتَرَفُوا بِذُنُوبِهِمْ خَلَطُوا عَمَلًا صَالِحًا وَآخَرَ سَيِّئًا عَسَى اللَّهُ أَنْ یَتُوبَ عَلَيْهِمْ؛ و دیگرانی هستند که به گناهان خود اعتراف کرده و کار شایسته را با [کاری] دیگر که بد است درآمیخته‌اند. امید است خدا توبه آنان را بپذیرد. قرار می‌دهد و نظر نهایی خود را چنین ابراز می‌کند: «من درباره مختار، از توقف‌کنندگان هستم؛ اگر چه مشهور بین علمای شیعه این است که او از مشکوران است».