میر محمدباقر خاتون‌آبادی در ۱۰۷۰ق به دنیا آمد. پدرش میرمحمداسماعیل (متوفی ۱۱۱۶ق) از عالمان مشهور اصفهان بود. محمدباقر نزد پدر و آقا حسین خوانساری درس خواند و از پدرش روایت نقل کرد.

میر محمدباقر به لحاظ علمی هم رتبه پدر خود بود؛ اما ویژگی‌هایی چون خوش‌بیانی و مهارت در تدریس و منزلت ویژه او نزد شاه سلطان حسین صفوی (حکومت:۱۱۰۵۱۱۳۵ق) بر شهرت او افزود.

شاه وی را به استادی خود برگزید و بر همه عالمان آن عصر مقدّم داشت و همواره با او مشورت می‌کرد. امرا و دولتمردان نیز به پیروی از شاه در برابر او خاضع بودند.

هرچند میرمحمدباقر از عالمان مشهور زمان خود به شمار می‌رفت؛ اما ظاهراً نزدیکی او به سلطان در این خصوص نقشی مهم داشت؛ از این رو، برخی او را از نظر علمی فروتر از آقا جمال خوانساری خوانده‌اند به ویژه آنکه خاتون‌آبادی خود نیز جایگاه علمی آقاجمال را حرمت می‌نهاد.

در صفر ۱۱۲۷ق نان در اصفهان گران شد. شایع شده بود که خاتون‌آبادی شاه را تشویق به افزایش قیمت کرده است. برخی از مردم تحریک شدند و به خانه او یورش بردند.

شاه سلطان حسین برای حفظ جان وی و پراکندن مردم اقداماتی کرد؛ اما فتحعلی خان داغستانی که در آن زمان رئیس غلامان ویژه بود و با خاتون‌آبادی میانه خوبی نداشت، نیرنگی به کار بست و سبب ضرب و جرح طلاب و شماری از نزدیکان خاتون‌آبادی که در خانه او گرد آمده بودند، شد.

حمله به خانه میرمحمدباقر و بی‌حرمتی به او، واکنش مردم و عالمان شهر را برانگیخت. آنان مساجد را بستند و اجتماعاتی تشکیل دادند؛ اما این کارها نتیجه‌ای دربرنداشت و از جانب شاه اقدام مؤثری صورت نگرفت. احتمالاً بی‌تفاوتی شاه ناشی از تأثیرپذیری از اطرافیان و درباریانی بود که از نفوذ کلام میرمحمدباقر و اعتبار دینی و سیاسی او ناخشنود بودند.

بیماری میر محمدباقر خاتون‌آبادی که پیش از این آغاز شده بود، بر اثر واقعه حمله به خانه‌اش شدت یافت و او در ۶ ربیع الاول ۱۱۲۷ق درگذشت.

برخی منابع گفته‌اند که میرمحمدباقر را مسموم کرده بودند؛ چنانکه به او شهید ثالث گفته می‌شد. او در تکیه خاتون‌آبادی تخت فولاد اصفهان در کنار پدرش به خاک سپرده شد.

برخی آثار فارسی خاتون‌آبادی عبارتند از:

نوروزنامه که تقویمی است بر طبق اخبار و احادیث.

کائنات الجَوّ یا آثار عُلوی، درباره تطبیق قواعد شریعت با اقوال حکماً.

رسالةٌ فی ماءِالنِیسان و ما یتعلَّق به، درباره خواص باران ماه نیسان و آثار قمر در عقرب از دیدگاه احادیث شیعه.

حاشیه‌هایی بر دو کتاب علامه حلّی در علم رجال، ایضاح الاشتباه و خلاصة الاقوال، نگاشته است.

خاتون‌آبادی برخی آثار مهم را، عمدتاً به درخواست شاه سلطان حسین، به فارسی ترجمه کرد، از جمله:

عُدَّةُ السَفَر و عُمْدَةُ الحَضَر اثر ابوعلی طبرسی (متوفی ۵۴۸) که درباره نمازهای مستحبی و ادعیه است.

مکارم الاخلاق اثر رضی‌الدین ابونصر طبرسی (عالم قرن ششم)

المشکول اثر حاج بابابن محمدصالح قزوینی (عالم قرن یازدهم) که به سبک کشکول تألیف شده است و در ترجمه آن برخی عالمان معاصر او مشارکت داشته‌اند.

عُیون الحِساب اثر ملامحمدباقر یزدی (ریاضی‌دان مشهور، متوفای قبل از ۱۰۶۹ق)

اناجیل اربعه، خاتون‌آبادی این کتاب را به درخواست شاه سلطان حسین صفوی برای رد کردن آرای مسیحیان که در آن زمان مبشرانشان در اصفهان تبلیغ می‌کردند، ترجمه کرد.