مسجد قبلتین یا مسجد ذو قبلتین (دارای دو قبله) به علت رخداد تغییر قبله که در این مسجد رخ داد، چنین نامگذاری شده است. آن را مسجد بنی‌سلمه نیز می‌نامند؛ زیرا در روستای طایفه بنی‌سلمه قرار گرفته بود.

تغییر قبله در شعبان سال دوم هجرت روی داد. تا پیش از آن، مسلمانان به سوی بیت‌المقدس نماز می‌خواندند. حکم تغییر قبله در وسط نماز به پیامبر (صلی الله علیه وآله وسلم) ابلاغ شد و نمازگزاران دو رکعت از نماز ظهر (یا عصر) را به سوی بیت‌المقدس و دو رکعت بعدی را به سوی کعبه خواندند.

مسجد ذو قبلتین در جهت شمال غربی مدینه، در غرب کوه سلع و مساجد فتح و نزدیکی چاه رومه قرار دارد.

منابع قدیمی مسجد قبلتین را جزو مساجدی که پیامبر (صلی الله علیه وآله وسلم) در آن‌ها نماز خوانده ذکر کرده و بر این اساس پیشینه ساخت مسجد را به عصر نبوی می‌دانند. مسجد در قرن هفتم قمری مخروبه و سنگ‌های آن برداشته شده بود؛ اما در سال‌های بعد، آن را بازسازی کردند. 

براساس برخی گزارش‌ها، این مسجد در اواخر قرن چهاردهم قمری رو به ویرانی بود و سپس بازسازی شد و آثار قبله (یا محراب) در دو جهت بیت المقدس و مکه در آن ایجاد شد؛ اما بعداً محراب سمت بیت‌المقدس را از بین بردند. 

محدوده کلی مسجد، مثلثی است. ولی ساختمان اصلی از دو طبقه مستطیلی تشکیل شده و از طریق بالکنی بر خیابان اصلی اشراف دارد. مقابل آن قبرستانی قدیمی به نام مقبرة القبلتین قرار دارد. مسجد، دو مناره و دو گنبد دارد و حدود دو هزار نمازگزار را در خود جای می‌دهد.