مسجد حَنّانه، مسجدی است در شهر نجف نزدیک مرقد کمیل بن زیاد که طبق نقل‌های تاریخی، زمین آن دو بار در عزای ائمه (ع) ناله کرده است؛ یک بار در زمان تشییع امیرالمؤمنین(ع) و یک بار نیز بعد از واقعه کربلا. علت نام‌گذاری مسجد نیز همین است. 

این مسجد در محله حنانه، به فاصله ۲.۵ کیلومتری از حرم امیرالمؤمنین(ع)، سمت شمال نجف، و در نزدیکی مرقد کمیل بن زیاد نخعی واقع است. در سده‌های اخیر با گسترش شهر نجف، این مسجد جزو شهر نجف قرار گرفته است.

حنانه به معنای گریه‌کننده است. درباره علت نام‌گذاری این مسجد به حنانه چند قول وجود دارد: برخی معتقدند هنگام عبور کاروان اسرای اهل‌بیت (علیهم‌السّلام)، سرهای بریده امام حسین(ع) و یارانش را در این محل بر زمین گذاشتند. گفته‌اند در این هنگام صدایی شبیه به ناله بچه شتری (حنانه) که مادرش را گم کرده باشد بلند شد. نقل شده است که امام صادق(ع (هنگام سفر به کوفه و نجف، در سه مکان ایستادند و نماز گزاردند که یکی از آن‌ها در این محل بود. هنگامی که علّت را پرسیدند، فرمودند: «سر جدم حسین(ع (را در اینجا نهادند» از این‌رو این محل، به حنانه معروف شد .

براساس قول دیگر، در این محل، میل یا ستونی وجود داشته است که به گفته ابن شهرآشوب، هنگام عبور جنازه مطهر امیرمؤمنان(ع) از کوفه به نجف، به نشانه تاسف و ناراحتی، کج شد. در این روایت، از ستون یا میل مورد نظر به نام «قائم مائل»، یاد شده است. ظاهراً مسجد حنّانه، در جایگاه همان ستون بنا شده است.

در روایتی آمده است که از امام صادق(ع) پرسیده شد این ستون که در راه نجف قرار دارد چیست؟ امام(ع) فرمودند: «هنگامی که جنازه امیرالمؤمنین(ع) را از این‌جا عبور می‌دادند این ستون از اندوه بر درگذشت حضرتش خم شد، چنان‌که تخت ابرهه هنگام ورود عبدالمطلب بر او خم شد». 

برخی نیز معتقدند که کلمه حنانه، از نام یک دیر مسیحی به نام «حنّا» (از دیرهای قدیمی منطقه حیره)، گرفته شده که پیش‌تر در محل مسجد، وجود داشته است و می‌تواند بر میل یا ستونی منطبق باشد که در روایت امام صادق (ع)، به آن اشاره شده است

امروزه در این مسجد، ضریحی منسوب به سر امام حسین (ع) وجود دارد که به قولی، محل دفن سر شریف آن حضرت به شمار می‌آید.