از مهم‌ترین شاخص‌های گیاهان ارگانیک این است که از سه سال قبل، خاک کشاورزی با فاضلاب آبیاری نشده باشد و فاقد فلزات سنگین مثل سرب و همچنین فاقد کلرور پتاسیم باشد.

در چرخه تولید مواد گیاهی از ترکیبات علف‌کش، حشره‌کش، قارچ‌کش، آفت‌کش، کود شیمیایی، جونده‌کش، و لارو و تخم کش استفاده نشده باشد.

اصلاح ژنتیک، پرتودهی با اشعه گاما و مواد شیرین کننده و رنگ دهنده مصنوعی در آن به کار نرفته باشد.

در تولید محصولات حیوانی (گوشت، شیر و تخم مرغ) نباید در زمان رشد حیوان از هورمون و یا آنتی‌بیوتیک‌ها و... استفاده شده باشد.

مصرف گوشت و مواد غذایی دارای آنتی‌بیوتیک و پسماند دارویی، مقاومت بدن را در مقابل آنتی بیوتیکها و داروها افزایش داده، درمان عفونت‌ها را دشوار می‌کند و حتی باعث بروز برخی بیماری‌ها به دلیل ایجاد اختلال در چرخه سوخت و ساز و تنظیم بدن خواهد شد.

مواد شیمیایی‌ای که در تولید فراورده‌های گیاهی و حیوانی به کار می‌روند، مخاطراتی برای سلامتی انسان دارند. مثلاً: نیترات و نیترات‌ها باعث اکسید کردن هموگلوبین و تولید مت هموگلوبین و عدم کارایی کافی گلبول قرمز می‌شوند. این مواد همچنین پس از خورده شدن، در معده انسان تولید نیتروزآمین می‌کنند که باعث ایجاد سرطان کبد و مثانه می‌شود.

آلودگی آب‌های زیرزمینی توسط نیترات‌های کودهای شیمیایی باعث افزایش آلودگی غذاها و در نتیجه افزایش بیماری‌های ناشی از نیترات‌ها می‌شوند.

کادمیوم فاضلاب جایگزین کلسیم شده، در نتیجه افزایش شکستگی استخوان و آسیب به سلول‌های مغزی را به دنبال دارد.