به گواهی آثار و کتابهای برجایمانده، میتوان گفت که ایشان همزمان به «اسلامیسازی علومانسانی»، «اسلامیسازی کنشگران عرصه علم»، «تحول در ساختارهای آموزشی و پژوهشی» و «اسلامیسازی جامعه و فرهنگ عمومی» توجه داشتند.
گفتیم که علامه_مصباح پس از اثبات «امکان و ضرورت اسلامیسازی علومانسانی»، سهگام مهم را برای اسلامیسازی علومانسانی برمیشمارد:
گام نخست، ناظر بهنقد علومانسانی رایج بود که در مطلب پیشین به آن پرداختیم.
گام دوم: تبیین مبانی معقول علومانسانی
حال که سستی و نادرستی علومانسانی موجود را آشکار کردیم و ساختمان عظیم علومانسانی غربی را لرزان کردیم، در گام دوم انتظار آن است که بنیانهای معرفتی ساختمان #علوم_انسانی_اسلامی را سامان دهیم. به تعبیر دیگر، با نگاهی ایجابی لازم است که بنیانهای هستیشناختی، معرفتشناختی، روششناختی، انسانشناختی و ارزششناختی علومانسانی اسلامی را تشریح کنیم. در فرایند تحول علومانسانی، این مهمترین وظیفهای است که بر دوش عالمان دینی و متخصصان بنیانهای فکر دینی و اسلامی است.
بهجرئت میتوان گفت که در میان عالمان دینی، هیچکس بهاندازه علامه مصباح در این زمینه فعالیت نکرد. او باتکیهبر بنیانهای استوار عقلی و همچنین آیات قرآنی، کوشید مبانی فکری و فلسفی لازم را برای تحول در علومانسانی و اسلامیسازی علومانسانی به صورتی منسجم و منطقی عرضه کند.
گام سوم: تولید فلسفه علم موردنظر
پس از تبیین مبانی عام علومانسانی، کار بزرگ دیگری که علامه مصباح انجام آن را لازم میدانست، تولید «فلسفه علم موردنظر» بود. دراینباره میفرمودند که در تکتک علومانسانی، لازم است که باتکیهبر بنیانهای فکر اسلامی، فلسفه مضاف به آنها تبیین و تدوین شود و البته در این میان معتقد بودند که روانشناسی، اقتصاد و جامعهشناسی اولویتهای نخست هستند؛ زیرا اینها «علومانسانی پایه»  هستند و علومی مثل تعلیموتربیت، مدیریت، حقوق، علوم سیاسی و امثال آن، «علومانسانی پیرو».
این سهگام را شرط لازم تولید «نظریه اسلامی» و در نهایت «علم اسلامی» میدانست.
خلاصه آنکه در سطح معرفتی، ایشان سه کار عمده انجام میدادند: تبیین امکانِ اسلامیسازی علومانسانی، ضرورت اسلامیسازی این علوم، چگونگی اسلامیسازی علومانسانی.
پروژه علامه_مصباح در اسلامیسازی علومانسانی را نباید منحصر در اقدامات علمی و نظریهپردازی دانست؛ افزون بر آن، اقدامات تربیتی و پرورشی و انگیزشی فراوانی را نسبت به کنشگران حوزه علومانسانی نیز مدیریت کردند.
وی معتقد بود کنشگران بیاعتقاد و بیانگیزه، میتوانند بهترین نظریه و بهترین متن را هم از کارایی و کارآمدی بیندازند:
زانک از قرآن بسی گمره شدند
زان رسن قومی درون چه شدند
مر رسن را نیست جرمی ای عنود
چون ترا سودای سربالا نبود
به همین دلیل، بخش زیادی از اقدامات عملی ایشان، معطوف به ایجاد «سودای سربالا» و تقویت ایمان و انگیزه تحولخواهی در میان کنشگران علوم_انسانی بود.
در بُعد تحول در کنشگران، ایشان دو کار عمده را لازم میدانستند:
نخست "تحولات معرفتی در کنشگران" یعنی استادان، دانشجویان و مدیران حوزه علم. معتقد بودند باید درباره مبانیِ فکری، کار شود. برای رسیدن به این مقصود، هم مبانی پنجگانه (معرفتشناختی، هستیشناختی، انسانشناختی، الهیاتی، و ارزششناختی) را «تدریس» میکردند و هم درباره آنها و بر اساس آنها، کتابهای متعددی را «تدوین» کردند و هم دوره «طرح ولایت» را «طراحی» کردند. تحول معرفتی را برای همه کنشگران حوزه علم، نهتنها لازم، بلکه آن را پایه و ریشه هرگونه تحول پایدار و مستحکم میدانستند.
افزون بر این، بر اخلاقِ پژوهش و اخلاق علم نیز تأکید داشتند؛ زیرا برای ایجاد تحول در علومانسانی، نیازمند بردباری و همتهای بلند هستیم. در این زمینه باید نگاه واقعبینانه و همچنین قدرت و شهامتِ علمی ایجاد شود؛ زیرا مقابله با این جریان و رودررو شدن با جریان قدرتمند و پرزور علومانسانی غربی، «شهامت علمی» بالایی میخواهد.
همواره تأکید میکردند که نباید عجله کرد. کار علمی و فرهنگی، زمانبر است. دربارۀ اخلاق فردی هم بر اخلاص، توکل و بهطور ویژه نیت پاک، تأکید داشتند و میفرمودند: «شما مخلصانه برای خدا باشید، خداوند کمک میکند.»
علامه مصباح در بُعد تحولات ساختاری، جزء نخستین کسانی بود که در حوزه علمیه قم، بلکه در تاریخ حوزههای علمیه شیعه در چند سده اخیر، دورههای طولانیمدت آموزشی و پژوهشی در علومانسانی را طراحی کردند. پیش از ایشان، کسی چنین ساختاری تعریف نکرده بود. ایشان پیش از انقلاب شروع کردند. سال ۵۴ در بخش آموزشِ «مؤسسه در راه حق» و در سال ۶۶ با تأسیس «بنیاد باقرالعلوم (علیه السلام)»، دوره پیشرفته و تخصصی را برای فارغالتحصیلان مؤسسه در راه حق برگزار کردند. سپس با تجمیع این دو، مؤسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی (ره) را بنیان نهادند.
ایشان در اول انقلاب یکی از بنیانگذاران «دفتر همکاری حوزه و دانشگاه» بودند که الآن به «پژوهشگاه حوزه و دانشگاه» تبدیل شده است. اقدامات ساختاری علامه_مصباح، مبتنی بر دو پیشفرض بود:
نخست اینکه دانشگاه و دانشگاهیان فعلی، توانایی اسلامیسازی علومانسانی را ندارند و این توقع از آنان، توقع ناصوابی است.
دوم اینکه از حوزه سنتی هم نمیتوان توقع انجام چنین کار بزرگی را داشت؛ زیرا تمرکز حوزه سنتی بر فقه و اصول، و نهایتاً فلسفه و تفسیر است.
بنابراین، ایشان معتقد بودند که به ساختارهای آموزشی موجود در حوزه و دانشگاه برای اسلامیسازی علومانسانی، نمیتوان امید بست.
این دو پیشفرض، باعث شد ایشان مؤسسهای آموزشی و پژوهشی تأسیس کنند تا دانشجویان آن، در هر دو حوزه تخصص داشته باشند.
همچنین ایشان تأکید داشتند که ما باید بکوشیم گفتمانی نخبگانی در حوزه اسلامیسازی علومانسانی ایجاد کنیم، وگرنه اگر بهترین متنها را هم تولید کنیم، ولی جامعه علمی، آن را باور نداشته باشد و گفتمانسازی مناسبی صورت نگیرد، عملاً فایدهای بر آن مترتب نخواهد بود؛ زیرا علم، همانطور که فرهنگساز است، متأثر از فرهنگ عمومی هم هست. میفرمودند: علوم غربی در راستای فرهنگ غربی است؛ یعنی این علوم هم فرهنگ غربی را شکل دادهاند و هم خودشان متأثر از فرهنگ غرب بودهاند. بنابراین، برای اسلامیسازی علومانسانی نیز نباید از اسلامیسازی جامعه و فرهنگ غافل باشیم؛ بلکه باید جامعهای توحیدی و مبتنی بر آرمانهای اسلامی تأسیس کنیم.
به گواهی آثار و کتابهای برجایمانده، میتوان گفت که ایشان همزمان به «اسلامیسازی علومانسانی»، «اسلامیسازی کنشگران عرصه علم»، «تحول در ساختارهای آموزشی و پژوهشی» و «اسلامیسازی جامعه و فرهنگ عمومی» توجه داشتند.
روحش شاد و راهش پر رهرو باد