افزون بر روایات نبوی، پیشوایان شیعه نیز در موارد گوناگون انتساب خویش به جناب جعفر بن ابی‌طالب را مایه مباهات می‌دانستند. از جمله اینکه امیرالمؤمنین (علیه السلام) در روز شورای شش نفره در مقابل حاضرین احتجاج کرده و فرمودند: «...شما را به خدا سوگند، آیا در میان شما کسی هست به جز من که برادری مانند برادرم جعفر داشته که با دو بال بهشتی تزیین شده و به هر کجا بخواهد پرواز کند؟! آن‌ها گفتند: خیر...» (ابن بابویه، الخصال، ج2، ص555؛ طبری، المسترشد فی امامه علی بن ابی‌طالب علیه‌السلام، ص333).

جناب جعفر طیار یکی از مدافعان سرسخت خلافت امیرالمؤمنین (علیه السلام) بوده‌اند به گونه‌ای که ایشان پس از جریان سقیفه در موارد گوناگون، جای خالی وی را احساس کرده و می‌فرمودند: «اگر جعفر و حمزه می‌بودند، این‌چنین با من رفتار نمی‌شد»؛ ولی حضرت به دلیل عدم وجود یاور و همراه، مجبور به صبر شدند. (ابن ابی‌الحدید، شرح نهج البلاغه، ج11، ص111؛ کلینی، الکافی، ج8، ص189و 190؛ ابن طاووس، کشف المحجه لثمره المهجه، ص249). این موارد بیانگر اعتقاد راسخ حمزه و جعفر به خلافت امیرالمؤمنین (علیه السلام) پس از رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) است. اگر این دو شخصیت در روز رحلت رسول خدا (صلی الله علیه وآله وسلم) زنده بودند، هیچ‌کس در خلافت طمع نمی‌کرد. (مدنی، الدرجات الرفیعه، ج1، ص65)

یکی از نمونه‌های ماندگار مباهات اهل بیت (علیه السلام) به جناب جعفر طیار، زمانی است که امام حسن (علیه السلام) پس از صلح با معاویه فرمودند: «جایگاهی که خداوند به جناب حمزه و جعفر طیار اعطا کرده است، به‌خاطر قرابت و خویشاوندی با پیامبر (صلی الله علیه وآله وسلم) است.»  (طوسی، الامالی، ص564). در سوی مقابل، امام در برابر معاویه اشاره به پستی نسب وی کرده و فرمودند: «پدر من علی (علیه السلام) است و پدر تو صخر است. مادر من فاطمه (سلام الله علیها) است و مادر تو هند است. پدربزرگ من رسول خداست (صلی الله علیه وآله وسلم) و پدربزرگ تو حَرب است. مادربزرگ من خدیجه (سلام الله علیها) است و مادربزرگ تو قتیله است؛ پس خدا لعنت کند از ما آن کسی را که نامش پلیدتر و نسبش پست‌تر و سابقه‌اش بدتر و پیشتاز در کفر و نفاق بوده است.» (ابوالفرج اصفهانی، ج1، ص19؛ مفید، الارشاد، ج2، ص15)