حضرت ابوجعفر، باقرالعلوم، در شهر مدینه تولد یافتند و براساس نظر بیشتر مورخان و کتاب‌های روایی، تولد ایشان در سال 57ق بوده است. امام محمدباقر (علیه السلام) از جانب پدر و نیز مادر، به شجره پاکیزه نبوت منتهی می‌گردند. ایشان نخستین مولودی هستند که در خاندان علویان از التقای دو بحر امامت (نسل حسن بن علی و حسین بن علی (علیهما السلام)) تولد یافتند. پدر گرامی ایشان امام علی بن الحسین، زین‌العابدین (علیه السلام) و مادر بزرگوار ایشان ام عبدالله، فاطمه دختر امام حسن مجتبی (علیه السلام)هستند. به همین دلیل به ایشان لقب هاشمیٌ بین هاشمیَّیْن، عَلَویٌّ بین علویَّیْن و فاطمیٌ بین فاطمیَّیْن داده‌اند. لقبشان «باقرالعلم»، «عبد صالح»، «اَمین»، «شاهد»، «شاکر»، «هادی»، «صابر» است و تنها کنیه‌‌شان «ابوجعفر» است و در منابع روایی بیشتر با عنوان ابوجعفر اول یاد می‌شوند تا با ابوجعفر ثانی (امام جواد (علیه السلام)) اشتباه نشود. مدت امامت امام باقر (علیه السلام) و عهده‌داری و خلافت آن حضرت بر شئون مردم بعد از پدرشان نوزده سال ادامه یافت.

همسران و فرزندان: بر اساس اکثر منابع تاریخی، امام پنجم دارای سه همسر و هفت فرزند بودند که از بین فرزندان ایشان، امام صادق (علیه السلام) پس از پدرشان به امامت شیعیان برگزیده شدند. شیخ مفید و طبرسی، پنج پسر و دو دختر به این شرح نوشته‌اند: ابوعبداللّه جعفر (امام صادق (علیه السلام)) و عبداللّه که مادر این دو اُمّ‌فَروه، دختر قاسم بن محمّد بن ابی‌بکر بود. ابراهیم و عبیداللّه که در کودکی درگذشتند و مادرشان امّ‌حکیم دختر اُسید (اسد و سیّد هم ثبت شده است) ابن مغیرة الثّقفی بود. علی و زینب و امّ‌سلَمه که مادرهایشان کنیز بوده‌اند. اِرْبلی ضمن نقل کامل سخن مفید، از ابن طلحه شافعی روایت کرده است که او فرزندان امام را سه پسر و یک دختر دانسته است. علوی عمری فرزندان امام را سه دختر و شش پسر ذکر کرده؛ اما سوّمین دختر را نام نبرده و نام پسر ششم را که با ابراهیم و عبیداللّه از یک مادر بوده، زید نوشته است. نسل ایشان، همچنان که علوی عمری نیز یادآوری کرده، فقط از فرزند برومندشان امام صادق (علیه السلام) باقی ماند. امام باقر (علیه السلام) چهار سال از حیات جدّ خود امام حسین (علیه السلام) و ۳۷ سال از زندگی پدر خود حضرت علی بن حسین (علیه السلام) را درک کردند و دوران زندگی‌‌شان با حکومت ده تن از خلفای اموی (از معاویه بن ابی‌سفیان تا هشام بن عبدالملک) و ایام امامتشان با حکومت پنج تن از ایشان ـ ولید بن عبدالملک (متوفی ۹۶) و سلیمان بن عبدالملک (متوفی ۹۹) و عمر بن عبدالعزیز (متوفی ۱۰۱) و یزید بن عبدالملک (متوفی ۱۰۵) و هشام بن عبدالملک (متوفی ۱۲۵) مقارن بود. دوران زندگی امام پنجم، بیشتر در شهر مدینه به نشر معارف دینی و ارشاد شیعیان و تربیت شاگردان گذشت.

دوران امام باقر (علیه السلام)

علم: همه مؤلّفان شیعه و سنّی سبب ملقب شدن آن حضرت را به «باقر» را دانش فراوان ایشان دانسته‌اند و غالباً این نامگذاری را از پیامبر اکرم (صلی الله علیه وآله وسلم) می‌دانند که جابر بن عبداللّه انصاری از آن حضرت نقل کرده است. ابن عماد و دیگران، آن حضرت را از فقهای مدینه برشمرده که به سبب دانش فراوان و شناختن ریشه و درون آن، ایشان را باقر خوانده‌اند.

زمان امام باقر (علیه السلام)، یعنی دهه‌های آخر قرن اوّل و دهه‌های اوّل و دوم قرن دوم هجری، زمان ظهور فقهای بزرگ مخصوصاً در مدینه بود. در این دوران، مسلمانان که از فتوحات خارجی و جنگ‌های داخلی تا حدودی فراغت یافته بودند، از اطراف و اکناف سرزمین‌های اسلامی برای فراگرفتن احکام الهی و فقه اسلامی به مدینه که شهر حضرت رسول (صلی الله علیه وآله وسلم) و اصحاب و تابعان ایشان بود، روی می‌نهادند. فقها و محدّثان بزرگی از جمله سعید بن مسیّب (متوفّی ۹۴)، عروه بن زبیر (متوفّی ۹۴)، خارجه بن زید بن ثابت (متوفّی ۹۹)، ربیعه الرأی (متوفّی ۱۳۶)، سفیان بن عُیَیْنه و محمد بن شهاب زُهْری (متوفّی ۱۲۴) در این شهر جمع بودند. بخصوص که منع کتابت حدیث در زمان عمر بن عبدالعزیز لغو شده بود. در این دورانِ شکوفایی فقه و حدیث بود که دانش و معرفت امام باقر (علیه السلام) و نیز فرزند ایشان امام صادق (علیه السلام)، بر همگان آشکار شد و اصول و مبانی کلام و فقه و سایر معارف دینی شیعه که این دو امام بیش از همه مبیّن آن بودند، تدوین و توسّط راویان و شاگردان ایشان به عالم پراکنده شد. بسیاری از مجتهدان و مؤسّسان مذاهب فقهیِ دیگر از این دو امام فیض برده‌اند و به همین جهت، رایج شدن لقب «باقر» برای امام پنجم که لقبی کاملاً علمی است، بسیار پر معنی است.

فضایل اخلاقی: در منابع شیعی روایاتی نقل شده است که بر طبق آنها امام باقر (علیه السلام) از پوشیدن لباس خوب و پاکیزه و تهیّه غذاهای خوب در خانه دریغ نداشتند و خصوصاً برای رعایت حال برخی از افراد خانه، این کار را لازم می‌دیدند. این نکته از آن جهت حائز اهمیت است که در روزگار ایشان برخی گرایش‌های ترک دنیا پیدا شده بود و شاید به همین دلیل است که این موضوع در منابع نقل شده است.

امام با آنکه از مرتبت بلند اجتماعی برخوردار بودند و به گفته ذهَبی، سروَری و دانش و رفتار صحیح را یکجا جمع کرده بودند، شخصاً در گرمای حجاز در مزرعه کار می‌کردند و انگیزه این کار را اطاعت خدا و بی‌نیاز شدن خود و خانواده‌‌شان از مردم می‌دانستند. از امام صادق (علیه السلام) روایت شده است که فرمودند: پدرم از سایر افراد خاندان خود درآمد کمتری داشتند؛ ولی هزینه زندگی ایشان از همه بیشتر بود. آمد و شد خویشانشان ایشان را دلگیر نمی‌کرد و از آنان با خوراک‌های خوب پذیرایی می‌کردند و جامه‌های نیکو و مال نقد می‌بخشیدند. این روش را با دیگران نیز به کار می‌گرفتند و هرگز از بخشش به برادران و متقاضیان و کسانی که به امیدی نزد وی آمده بودند، دریغ نمی‌کردند. همچنین خدمتکاران خود را در کارهای دشوار، یاری می‌کردند. هرگاه می‌خواستند به سائلی کمک مالی کنند، او را «یا سائل» نمی‌خواندند؛ بلکه «یا عبداللّه» (ای بنده خدا) می‌گفتند. امام باقر (علیه‌السلام) را از زاهدان بزرگ عالم اسلام خوانده‌اند. ابونعیم با عبارت «الحاضرُالذّاکر، الخاشعُ الصّابر» از ایشان یاد کرده است. عطّار کتاب "تذکره الاولیاء" خود را با یاد این امام خاتمه داده و به پیروی از هُجویری، از آن حضرت به «برهان ارباب مشاهدت» و «امام اولاد نبی» و «گزیده نسل علی» تعبیر کرده است. علاوه بر زهد عملی، بیانات آن حضرت در تفسیر الفاظی چون عبادت، محبّت، غنا، تقوا، توکّل و دنیا راهگشای کسانی بوده که دین را از وجهه معنوی و عرفانی می‌نگریسته‌اند. به گفته ابن حجر هیتمی، امام باقر (علیه السلام) در ترسیم مقامات عارفان و بیان حقایق عرفانی سخنانی دارند که زبان از وصف آن عاجز است. کلینی از امام صادق (علیه السلام) نقل کرده است که فرمودند: پدرم همواره ذکر خدا می‌گفتند و افراد خانواده خود را هم به این کار سفارش می‌کردند. در سفر حجّ ایشان را دیدند که غسل کردند و با پای برهنه وارد منطقه حرم شدند، چون به مسجدالحرام رسیدند، به کعبه نگریستند و با صدای بلند گریه کردند. آنگاه طواف کردند و بعد از نماز سر به سجده نهادند، هنگامی که سر از زمین برداشتند، محلّ سجده از بسیاریِ اشک مرطوب شده بود. در برابر مصائب تسلیم بودند و همواره می‌ترسیدند که مبادا نعمت‌های خدا را ناسپاسی کرده باشند. زمانی یکی از افراد خانواده ایشان بیمار شدند و سپس درگذشتند، امام که از بیماری او ناراحت بودند، بعد از مرگ وی هرگز اظهار جزع نکردند و فرمودند: آنچه را دوست می‌داریم از خدا می‌خواهیم؛ امّا وقتی آنچه برای ما ناگوار است روی دهد، نسبت به آنچه خدا برای ما پسندیده است، مخالفت نمی‌کنیم. آن حضرت در برابر دوستان فروتنی می‌کردند و بدزبانی افراد را نادیده می‌انگاشتند. ذهبی نقل کرده است که امام باقر (علیه السلام) در شبانه‌روز صد و پنجاه رکعت نماز می‌گزارند، و از امام صادق (علیه السلام) روایت شده است که پدرش را بنا بر وصیّتِ خود او، در جامه‌ای که هنگام نماز بر تن می‌کردند به خاک سپردند.

شاگردان: در عصر امام باقر و امام صادق (علیهما السلام) شرایط سیاسی جامعه به دلایل مختلف از جمله: اختلاف داخلی در بین امویان، شورش و قیام متعدد در اطراف حکومت اسلامی و... به گونه‌ای تغییر یافت که آن حضرات توانستند، کرسی تدریس برپا کرده و به تعلیم و تربیت مردانی دانشمند و متعهد به ارزش‌های شریعت اصیل اسلامی بپردازند. در بررسی زندگی علمی این دو امام، نام بسیاری از شاگردان و شخصیت‌های ممتاز علمی جهان اسلام دیده می‌شود. در محفل علمی امام باقر (علیه السلام)، فردی چون محمد بن مسلم می‌تواند سی هزار حدیث و جابر جعفی هفتاد هزار حدیث از ایشان نقل کنند. در بررسی فعالیت‌های علمی عالمان امامیه، فقیه‌ترین فقیهان صدر اسلام، شش نفر هستند که همه آنان از اصحاب امام باقر و امام صادق (علیهماالسلام) بوده‌اند. شاگردان آن بزرگوار عبارتند از: زراره بن اعین، ابوبصیر الاسدی، فضیل بن یسار، محمد بن مسلم الطائفی و برید بن معاویه العجلی، هشام بن حکم، مؤمن الطاق، مفضل بن عمر جعفی، ابوبصیر لیث بن البختری، جمیل بن درّاج، معلی بن خنیس، ابوحمزه ثمالی، فیض بن مختارکوفی و... البته در کتب رجالی، اصحاب و شاگردان امام باقر و امام صادق (علیهما السلام) تا چهار هزار نفر نقل شده است.

شهادت: امام باقر (علیه السلام) پس از عمری تلاش در میدان بندگی خدا و احیای دین و ترویج علم و خدمات اجتماعی به جامعه اسلامی، در روز هفتم ماه ذوالحجه سال 114ق به شهادت رسیدند.

منابع روایی و تاریخی، علت شهادت آن حضرت را مسمومیت دانسته‌اند، مسمومیتی که دست‌های حکومت امویان در آن دخیل بوده است.