پس از ریزش جریانها و افرادی در دوران انقلاب اسلامی، از اواخر دهه ۱۳۶۰ تا اواخر دهه ۱۳۸۰، ماهیت ریزش از نظر کمی و کیفی تغییر یافت. با حذف جریانهای خارج از گفتمان انقلاب اسلامی، شکاف میان گفتمان درون انقلاب اسلامی آغاز و جناحهای سیاسی شکل گرفتند. اختلاف دیدگاهها از سومین دوره انتخابات مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۶۶ خود را نشان داد و دو جناح «جامعه روحانیت مبارز» و «مجمع روحانیون مبارز» شکل گرفتند. برخیها، این جریانها را با نامهایی چون چپ و راست، یا محافظهکار و اصولگرا و اصلاحطلب نیز مینامند.
جدایی این دو نهاد که در رأس آن روحانیونی قرار داشتند که از دوره قبل از انقلاب و سالهای پس از پیروزی انقلاب اسلامی در مصدر امور بودند، به معنی ریزش آنها نبود؛ اما بهتدریج و پس از انتخابات هفتمین دوره ریاستجمهوری، روندی شکل گرفت که در سایهی آن، بسیاری از جریانهای سیاسی که قبلاً حذف شده بودند، به شیوه خزنده و نرمافزاری، بازتولید شدند و به حوادثی چون ۱۸ تیر و فتنه سال ۱۳۸۸ منجر شد. در این روند، تعدادی از نیروها با سوابق انقلابی، در مقابل انقلاب قرار گرفتند. اختلافنظر میان روحانیون و نیروی درون گفتمان انقلاب اسلامی به تأیید حضرت امام خمینی رسید و ایشان انشعاب تشکیلاتی را به معنای اختلاف ندانستند. امام خمینی طی نامهای اعلام کرد که چون دو گروه ذکر شده در اصول با هم مشترکاند، آنها را تأیید میکند؛ زیرا در اسلام، باب اجتهاد باز است و انتقاد سازنده، باعث رشد جامعه میشود. (صحیفه نور، ج ۲۱: ۱۷۷)