گروه دیگری از دشمنان مسلمانان که قرآن کریم از آنها نام‌برده، «منافقین» هستند. منافق کسی است که ظاهر و باطن او، یکی نیست و در اصطلاح قرآنی به فرد یا گروهی اطلاق می‌شود که برای تامین مصالح اجتماعی و سیاسی، ادعای ایمان داشته؛ اما در دل کافر و منکر است. منافق یک دشمن ناشناخته محسوب می‌شود؛ زیرا او نقاب دوستی بر چهره دارد و جز از طریق اعمال و رفتار و گفتار خودشان، نمی‌توان به اهداف و نیات آنها پی برد. بیشترین آسیب و ضربه را در طول تاریخ اسلام، منافقین به اسلام وارد کرده‌اند. بنابر گفته علامه طباطبایی (ره)، بدترین دشمن انسان، آن‌کسی است که واقعا دشمن باشد و آدمی او را دوست خود، بپندارد.

پیامبر اکرم (صل الله علیه وآله وسلم) درباره منافقین می‌فرمایند: «من از خطر آدم باایمان و انسان مشرک بر اُمّتم نمی‌ترسم؛ چون خداوند از خطر انسان مؤمن به‌وسیله ایمانش جلوگیری می‌کند و مشرک را خداوند به‌خاطر شرکش نابود می‌سازد؛ ولی تنها کسانی که از شرّ آنها بر شما می‌ترسم، منافقان هستند. منافقانی که چرب‌زبان‌اند و در باطن در پی هدف دیگری هستند. سخنانشان جذّاب است؛ امّا در عمل، مبتلا به کارهای زشت‌اند.». (سفینة البحار، ذیل مادّه «نَفَق»)

امروز نیز منافقان همچنان از بدترین و خطرناک‌ترین دشمنان اسلام و مسلمین هستند.