از آنجا که جناب جعفر در اوایل دوره مکی اسلام آورد، شاید بتوان کلیه آیات قرآنی مکی را که در مدح مؤمنان است، بر جعفر قابل تطبیق دانست، هرچند راویان، در تفسیر این آیات روایتی نقل نکرده باشند. مفسران نخستین در تفسیر آیات هجرت و آیاتی که به روابط مسلمانان با مسیحیان میپردازند از جناب جعفر سخن گفتهاند:
شأن نزول اول
ابن عباس روایت میکند که آیه ۴۱ نحل «والَّذینَ هاجَروا فِی اللّهِ مِن بَعدِ ما ظُـلِموا لَنُبَوِّئَنَّهُم فِی الدُّنیا حَسَنَةً ولاَجرُ الاخِرَةِ اَکبَرُ لَو کانوا یَعلَمون» درباره جعفر و امیرالمومنین علی(علیه السلام) و عبدالله بن عقیل نازل شده است (شواهد التنزیل، ج۱، ص۴۳۱) که در راه خدا ستم دیدند و هجرت کردند و جایگاه خوبی خواهند داشت و پاداش آنها در آخرت بیشتر است.
شأن نزول دوم
بر اساس گفته ابن عباس آیه ۱۰ سوره زمر «واَرضُ اللّهِ واسِعَةٌ اِنَّما یُوَفَّی الصّـبِرونَ اَجرَهُم بِغَیرِ حِساب» در شأن جناب جعفر و مهاجران حبشه نازل شده که در راه خدا از خانه خدا و دیار خود کوچیدند و در زمان سختی صبر کردند و اکنون خداوند به آنان وعده پاداشی کامل و بی شمار میدهد. ( تفسیر بغوی، ج۳، ص۸۰)
شأن نزول سوم
در پی هجرت مسلمانان به حبشه، نمایندگان قریش با متهم ساختن مسلمانان به بدگویی از خدایان، نجاشی نظر اسلام را در این باره از مسلمانان مهاجر جویا شد. (تفسیر قمی، ج۱، ص۱۷۶ - ۱۷۷) بنا به روایت ابن عباس پس از درخواست نجاشی، جناب جعفر آیاتی از سوره مریم را درباره حضرت عیسی و مادرش مریم علیهماالسلام قرائت کرد و نجاشی و راهبان مسیحی دربار را به گریه آورد. بنا بر نظر برخی مفسران آیات ۸۲ - ۸۶ مائده «لَتَجِدَنَّ اَقرَبَهُم مَوَدَّةً لِلَّذینَ ءامَنُوا الَّذینَ قالوا اِنّا نَصـری...» در وصف آنان نازل شد و پیامبر را از آنان مطلع کرد. در این آیات گفته شده: کسانی که خود را مسیحی میخوانند، مهربانترین مردم به مؤمنان هستند و با شنیدن آیات الهی گریان شده، ایمان میآورند. (تفسیر قرطبی، ج۶، ص۲۵۵)