علامه طباطبائی در بدو ورودشان به قم برای معرفت جویان تشنهی آن دیار چهرهای ناشناخته بود؛ اما این ناشناختگی را ظرفیت بالای علمی ایشان، مجال بقا نداد. مرحوم آیت الله سید محمدحسین حسینی تهرانی، خاطرهی آشنایی و درک محضر مبارک او را اینچنین بازگو میکند:
«در سنه یک هزار و سیصد و شصت و چهار هجری قمری، این حقیر برای طلبگی و تحصیل علوم دینی به بلده طیبه قم مشرف شدم، و در مدرسهی مرحوم آیت الله حجت که بعدها به مدرسهی حجتیه معروف شد، حجرهای گرفته، و به درس و بحث و مطالعه ادامه دادم. بنای این مدرسه کوچک بود؛ آیت الله حجت چندین هزار متر از زمین مجاور را تهیه کردند و در نظر داشتند مدرسه را توسعه دهند و بنای عظیمی که به سبک همان مدارس اسلامی میباشد، و حاوی حجرات بسیار و مدرس و مسجد و کتابخانه و سرداب و آب انبار و سایر مایحتاج طلاب باشد، به طرز صحیح و بهداشتی و با فضای بزرگ و روح افزا برای طلاب بسازند.
هر چه مهندسین از تهران و غیر تهران آمدند و نقشههای متنوع و مختلفی کشیدند، مورد نظر آیت الله واقع نشد. تا بالاخره شنیدیم، سیدی از تبریز آمده و نقشهای کشیده است که مورد نظر و تصویب ایشان قرار گرفته است.»
«ما بسیار شایق و مُترصد بودیم که این سید را ببینیم، و از طرفی نیز بسیار شایق بودیم که درس فلسفه بخوانیم، و در آن اوان، عالم جلیل فخر الحکما و الفلاسفه، آیت الله حاج میرزا مهدی آشتیانی (قدس الله نفسه) وارد قم شده، و قصد تدریس داشتند و چند ماهی توقف کردند و به یکی از دوستان عزیز ما قول داده بودند که درس خصوصی فلسفه را از منظومهی سبزواری برای ما بگویند. ما در آستانهی شروع بودیم که ایشان بغتنا از اقامت در قم انصراف حاصل نموده و به تهران بازگشتند.»
«در همین احوال شنیدیم، آن سیدی که از تبریز آمده و نقشهی ساختمانی را کشیده است، در ریاضیات و فلسفه زبردست، و نیز درس فلسفهای در حوزه شروع کرده است. اشتیاق ما برای دیدار و ملاقات با او زیاد شد و مترصد بودیم به منزلش برویم و به بهانهای از او دیدار کنیم. تا آنکه یکی از دوستان ما که در مدرسه رفت و آمد داشت و فعلاً از علمای رشت میباشد، یک روز به حجره آمده و گفتند: آقای طباطبایی از زیارت مشهد برگشته. بیا به دیدنش برویم!»
«چون به منزل ایشان وارد شدیم، دیدیم که این رجل معروف و مشهور، همان سیدی است که ما همه روزه در کوچهها در بین راه او را میدیدیم، و ابداً احتمال نمیدادیم که او از اهل علم باشد. فضلا از تبحر در علوم، با عمامهی بسیار کوچک از کرباس آبی رنگ، و تگمههای باز قبا، و بدون جوراب با لباس کمتر از معمول، در کوچههای قم تردد داشت. خانه نیز بسیار محقر و ساده بود.»
«ما معانقه کردیم و نشستیم و گفتوگو و سخن از اطراف و جوانب پیش آمد. دیدیم: نه، واقعاً این مرد جهانی است از علم و درایت و ادراک و فهم، و برای ما خوب مشهود شد که:
در همان مجلس، شیفتگی و ارادت به ایشان یک باره اوج گرفت و تقاضا کردیم یک درس خصوصی فلسفه، برای ما بیان کنند که آزادانه بتوانیم در بین درس به بحث و گفتوگو پرداخته، و اشکالی در مطلب باقی نماند. ایشان با کمال بزرگواری پذیرفتند.»