یکی از پیامدهای این عملیات، زیر سوال رفتن خط استراتژی سازمان، به تبع آن زیر سوال رفتن رهبری بود. سازمان استراتژی و برنامه‌های مختلفی را از ابتدای تاسیس و خصوصاً پس از پیروزی انقلاب مورد آزمایش قرار داده بود که با ورود به مرحله جدید و تشکیل ارتش آزادی‌بخش، همه آن‌ها را به نوعی مردود و بی‌جواب قلمداد کرده بود و تنها راه مبارزه و براندازی نظام را مبارزه مسلحانه و جنگ نوین ارتش آزادی‌بخش دانسته بود.

با مطرح کردن این قضیه که صلح، طناب دار رژیم است و هیچ‌گاه رژیم صلح نمی‌کند، اقدام به عملیات‌های جدار مرز و نهایتاً چلچراغ و فروغ نمود و چون در عملیات فروغ جاویدان با شکست مواجه شد و صلح و آتش‌بس نیز میان ایران و عراق نیز برقرار شد؛

لذا برای جبران این مسئله، رجوی علت شکست و ناکامی را در کارکنان سازمان و بی‌ایمانی و ضعف آن‌ها عنوان کرد و گفت:

اگر ایراد و مشکلی هست در خود شماست؛ خط مشی ما مشکلی نداشته است.

سازمان همواره با فرافکنی و برخوردهای ایدئولوژیک، مترصد توجیه عملکرد خود می‌باشد. پس از شکست در عملیات فروغ، رجوی در یک نشست طولانی در عراق، علت شکست را به نیروها و ضعف ایدئولوژیک آنان معطوف داشت تا سرپوشی بر محاسبات غلط (اطلاعاتی و تحلیلی) خود بگذارد.

رجوی آخرین نقطه پیشروی (تنگه چارزبر=تنگه مرصاد) نیروهایش را بهانه کرد و اعلام داشت: شما در تنگه‌ی چارزیر گیر نکردید؛ بلکه در تنگه توحید، زمین‌گیر شدید و اضافه کرد: ضعف ایدئولوژیک شما باعث گردید تا در تنگه آرزوها و خصلت‌ها و خواسته‌هایتان درجا بزنید. 

سپس با یک برنامه‌ریزی قبلی، تعدادی از نفرات را صدا زد و از آنان سوال کرد: وقتی به تهران می‌رسیدی چه کاری برایت اولویت داشت؟ و سوال شونده بی‌درنگ پاسخ می‌داد: قصد داشتم پیش پدر و مادرم بروم و این پیروزی را به آن‌ها تبریک بگویم. رجوی خطاب به بقیه نیروهای حاضر، از این روحیه به مثابه مادی شدن خصلت‌های بورژوازی یاد نمود و آن را در تضاد با ایدئولوژی مجاهدین خواند و گفت: خب، معلوم است با این تفکر، بایستی در چارزبر گیر می‌افتادیم، وقتی دیدار با فامیل بهانه‌ای برای رسیدن به هدف می‌شود، بالتبع از جوهر و تقدس هدف غائی می‌کاهد.

این خط در وادار کردن نیروها به خسّت و کم‌کاری و بی‌ایمانی و عدم باور به توانایی‌های خویش که در جلسات عمومی انجام شد، نمود پیدا کرد.

به‌رغم این کار، شکسته شدن رجوی در ذهن تعداد زیادی از نیروها باعث ریزش نیرو گردیده، تعداد کثیری از اعضا و هواداران سازمان جدا شدند.

در راستای همین شکست، شعار محوری سازمان هم که صلح و آزادی بود هم زیر سوال رفت. به همین دلیل است که رجوی همیشه در سخنرانی‌هایش پس از عملیات فروغ، تاکید می‌نماید که ما زاییده جنگ نبودیم که با صلح از بین برویم و دائم بر این موضوع توقف و تاکید خاصی داشت؛ زیرا در ذهن افراد این سوال مطرح شد که ما برای تحقق صلح مبارزه می‌کردیم. اکنون که صلح محقق شده؛ چرا باید مبارزه کرد؟

پس از این نیز رجوی استراتژی جرقه و جنگ را دنبال می‌کرد (جرقه از سازمان، جنگ از دو رژیم ایران و عراق) قبول قطعنامه 598 از طرف نظام و شکست عملیات فروغ، استراتژی جنگ مسلحانه سازمان را به بن‌بست کشانید و یا حداقل این نگرانی را به دنبال داشت که پس از آتش‌بس میان بغداد و تهران، تکلیف سازمان – ارتش آزادی‌بخش و مشی مسلحانه چه خواهد شد؟

رجوی در یک نشست اختصاصی با اعضا به این مهم پرداخت و با رسم یک مثلث روی تابلو نوشت:

یک ضلع این مثلث صلح است، یک وجه‌اش جنگ است و ضلع سوم نه جنگ و نه صلح. ضلع سوم شرایط فعلی است که ما را قفل کرده و اگر این حالت به سمت صلح برود بی‌شک مجاهدین در خاک عراق به پایان خواهند رسید؛ لذا وظیفه‌ی ما این است که زمان را جلو بکشیم.

رجوی ادامه می‌دهد: جامعه‌شناسی و روانشناسی طرف عراقی و رژیم، مبین آن است که هیچ‌کدام در پی صلح دائم نیستند و قطعاً روزی جنگ دومی آغاز خواهد شد، وظیفه ما این است که ضلع فعلی این مثلث (نه جنگ و نه صلح) را به سمت ضلع دوم؛ یعنی جنگ دوم سوق دهیم. این استراتژی بعدها تحت نام جرقه و جنگ - جرقه از مجاهدین، جنگ از آن‌ها – معروف شد و همه نیروها روی این استراتژی کوک شدند تا با ایجاد فتنه، روابط و مذاکرات دو طرف را مخدوش کنند.

رجوی معتقد بود که استخبارات و مخابرات (سازمان‌های جاسوسی عراق) عراق زمینه مناسب‌تری نسبت به سیستم سیاسی و اجتماعی عراق دارند تا او بتواند با تحریک آنان استراتژی خود را جلو ببرد. از همین رو بخش رابطه با دو سرویس عراقی بسیار فعال شد تا دائماً برای پیشبرد سیاست خود، فضاسازی نمایند.

اگرچه عمر رژیم صدام به آنجایی نرسید که خواسته سازمان (جنگ دوم) تحقق یابد؛ ولیکن فضا به اندازه‌ای باز شد که آن‌ها توانستند در راستای عینی کردن مشی مسلحانه خود و ارتقا روحیه نفرات پاسیو شده (اصطلاح سازمان در مورد نیروهای ناامید)، مسیر جنگ شهری را مجدداً باز کنند و با خمپاره و ترور، تاکتیک قدیمی خود را دنبال کنند.

شکست در استراتژی و شعار محوری و همچنین تحولات منطقه‌ای همچون جنگ عراق علیه کویت و لشکرکشی نیروهای چندملیتی علیه عراق و به تبع آن نزدیکی هرچه بیشتر عراق به ایران و سعی جدّی عراق بر حل ریشه‌ای مشکلات و معضلات موجود بر سر راه تعمیق روابط دو کشور، همه این مسائل موجب ریزش شدید نیرو گردید. بنا به گزارشات موثق حدود 2000 نفر نیروی بریده از سازمان در اروپا حضور دارند که از عملیات فروغ به بعد شروع به انفصال نموده‌اند.

دیگر پیامد عملیات، محکومیت سازمان و عملیات فروغ از جانب گروه‌های اپوزیسیون بوده است. عمده‌ی گروه‌های مخالف جمهوری اسلامی نظیر حزب دموکرات کردستان، چپی‌ها و سلطنت‌طلبان، عملیات فروغ را نتیجه‌ی توهمات و خیال‌پردازیهای رجوی دانسته و حتی برخی سازمان را عامل ایجاد وحدت در جمهوری اسلامی عنوان کردند.

پیامد دیگر عملیات فروغ جاویدان، تلفات آن عملیات است. سازمان 1304 نفر کشته خود را رسماً تایید و با عکس و زندگی‌نامه منتشر کرده است. تعداد مجروحین نیز بالغ بر 150 نفر برآورد شده است که 700 نفر آن‌ها معالجه سرپایی و سطحی داشته‌اند و 800 نفر بستری و بعضاً جان سپرده‌اند. بر اساس اعترافات دستگیرشدگان و عکس‌هایی که از بعضی اجساد شناسایی شده تهیه گردیده است، از مجموع 51 نفر هیئت اجرایی سازمان (مرکزیت) حداقل 33 نفر از آن‌ها در صحنه عملیات حضور داشته‌اند که 16 نفر آنان کشته شده‌اند؛ لذا حجم ضربه به بدنه‌ی سازمان 50 تا 60 درصد بوده است و به کادر مرکزی سازمان حدود 30 درصد ضربه وارد شده است که این تعداد علاوه بر مجروحین و از کار افتادگانی است که به عقب انتقال داده شده‌اند.

رضا پورآگل، مهدی افتخاری و مهدی کتیرایی از جمله کشته‌شدگان مرکزیت در این عملیات می‌باشند. تجهیزات منهدم شده سازمان در مجموع نبردهای عملیات فروغ جاویدان 612 خودرو از انواع مختلف، 72 تانک و زره‌پوش، 21 توپ 122 میلیمتری و 51 تفنگ 106 میلیمتری که عمدتاً بدون خودرو حمل‌کننده بودند، برآورد گردیده است. آمار غنایم نیز حدود 500 دستگاه انواع خودرو و مقادیر زیادی تجهیزات انفرادی و جمعی بوده است.

تنها پیامد مثبت این عملیات برای سازمان از بُعد تبلیغاتی بوده است. یکی از محورهای اساسی در مانور تبلیغاتی و ژست تشکیلاتی آنان پیشروی نیروهای سازمان تا حوالی کرمانشاه است و همیشه روی این مطلب مانور تبلیغاتی می‌داده‌اند.

از زمان عملیات فروغ تاکتیک‌های سازمان تغییرات فاحش داشته است؛ اما استراتژی سازمان کاملاً حفظ شده است. سازمان معتقد است که در عملیات فروغ چون سازمان فقط به ارتش متکی بوده است عملیات به شکست منجر شده است.

پس از مدتی که از عملیات فروغ گذشت، رجوی در نشست عاشورا زمینه لازم را برای انتقال بخشی از سازمان به اروپا و شروع به کار سیاسی فراهم نمود. رجوی در نشست موسوم به عاشورا، با یک مقدمه طولانی از قیام کربلا، شکست نظامی امام حسین (علیه السلام) نه به خاطر بحث نیرویی او بود (72 نفر در مقابل 3000 نفر)؛ بلکه این شکست بدان معطوف می‌گردد که امام حسین تمامی انرژی خود را روی شمشیر و ایدئولوژی خود گذاشت و از نقش عناصر خارجی غافل گردید. ما که او را رهبر عقیدتی خودمان می‌دانیم و معتقدیم که باید از قیام کربلا درس بگیریم، ضمن اعتقاد کامل به شمشیر و ایدئولوژی مجاهدین باید از تجربه مولایمان بهره برده و در پی کسب مشروعیت آلترناتیوی خود در عرصه بین‌المللی باشیم. من‌بعد مجاهدین و ارتش آزادی‌بخش در عراق تحت مسئولیت مسعود رجوی به راهبردی کردن استراتژی جرقه و جنگ مشغول شدند و با مطرح کردن مریم رجوی به عنوان رئیس جمهور برگزیده و انتقال او و بسیاری از نیروهای قدیمی به فرانسه و فعال کردن شورای ملی مقاومت، عملاً مبحث حمایت‌های سیاسی، جذب نیرو و مالی سازمان در اروپا و آمریکا سازماندهی نمودند.

از آن پس و با همین توجیه و در پی بن‌بست نظامی تحمیل شده، خط کار سیاسی در اولویت قرار گرفت؛ ولی هیچ‌گاه دنباله‌روی از مشی مسلحانه به عنوان تنها راه مقابله با جمهوری اسلامی ایران، به کناری گذاشته نشد.