وصیت اینجانب به حوزه‌های مقدسه علمیه آن است که کراراً عرض نموده‌ام که در این زمان که مخالفین اسلام و جمهوری اسلامی کمر به براندازی اسلام بسته‌اند و از هر راه ممکن برای این مقصد شیطانی کوشش می‌نمایند، و یکی از راه‌های با اهمیت برای مقصد شوم آنان و خطرناک برای اسلام و حوزه‌های اسلامی نفوذ دادن افراد منحرف و تبهکار در حوزه‌های علمیه است  که خطر بزرگ کوتاه مدت آن، بدنام نمودن حوزه‌ها با اعمال ناشایسته و اخلاق و روش انحرافی است و خطر بسیار عظیم آن در درازمدت، به مقامات بالا رسیدن یک یا چند نفر شیاد که با آگاهی بر علوم اسلامی و جا زدن خود را در بین توده‌ها و قشرهای مردم پاکدل و علاقه‌مند نمودن آنان را به خویش و ضربه مهلک زدن به حوزه‌های اسلامی و اسلام عزیز و کشور در موقع مناسب می‌باشد و می‌دانیم که قدرت‌های بزرگ چپاولگر در میان جامعه‌ها افرادی به صورت‌های مختلف از ملی‌گراها و روشنفکران مصنوعی و روحانی نمایان که اگر مجال یابند، از همه پرخطرتر و آسیب‌رسان‌ترند ذخیره دارند که گاهی سی ـ چهل سال با مشی اسلامی و مقدس‌مآبی یا «پان ایرانیسم» و وطن‌پرستی و حیله‌های دیگر، با صبر و بردباری در میان ملت‌ها زیست می‌کنند و در موقع مناسب مأموریت خود را انجام می‌دهند و ملت عزیز ما در این مدت کوتاه پس از پیروزی انقلاب نمونه‌هایی از قبیل «مجاهد خلق» و «فدایی خلق» و «توده‌ای»ها‏ و دیگر عناوین دیده‌اند، و لازم است همه با هوشیاری، این قسم توطئه را خنثی نمایند و از همه لازم‌تر حوزه‌های علمیه است که تنظیم و تصفیه آن با مدرسین محترم و افاضل سابقه‌دار است با تأیید مراجع وقت و شاید تز «نظم در بی‌نظمی» است، از القائات شوم همین نقشه‌ریزان و توطئه‌گران باشد. (بخشی از وصیت امام ره)