در دوره قدرت‌گیری رضاخان، علمایی چون مدرس توانستند تا حدی در مقابل قدرت‌طلبی‌های او بایستند؛ ولی در دوران سلطنت رضاشاه، به دلیل برخورد سخت و خشن حکومت با مخالفان، علما ترجیح دادند تا با حکومت از در تقابل وارد نشوند. شیخ عبدالکریم حائری از جمله عالمانی بود که تلاش کرد در سایه مدارا با رضاشاه، حوزه و روحانیت را حفظ کند.

رضاشاه پس از رسیدن به قدرت، با مخالفان خود به خصوص علما، برخورد سختی داشت. برخورد سخت او با آیت الله شیخ محمدتقی بافقی، نمودی از این نوع برخورد است.

سید حسن مدرس (۱۲۴۹-۱۳۱۶ش)

آیت الله سید حسن مدرس (۱۲۴۹-۱۳۱۶ش)، عالم و سیاستمدار شیعه، از مهم‌ترین مخالفان رضاشاه در مسیر به ‌قدرت رسیدن او بود. آیت الله مدرس که از علمای فعال در جنبش مشروطیت بود، در جریان کودتای سوم اسفند ۱۲۹۹ش، که آغاز قدرت‌گرفتن رضاخان بود، به مخالفت با آن برخاست. سران کودتا، آیت الله مدرس را برای جلوگیری از فعالیت سیاسی مؤثر علیه کودتا، دستگیر و به قزوین تبعید کردند.

در جریان انتخابات مجلس پنجم، رضاخان با اعمال قدرت غیرقانونی، مقام ریاست الوزرایی را به دست گرفت. او از پس این انتخاب تلاش کرد تا با تغییر حکومت سلطنتی به جمهوری، راه رسیدن به قدرت مطلق را برای خود هموار کند. جمهوری‌خواهی رضاخان با مقاومت آیت الله مدرس در مجلس با شکست رو به رو شد. درگیری آیت الله مدرس با رضاخان در دوره ریاست الوزرایی او به درخواست استیضاح رضاخان از سوی آیت الله مدرس و همراهانش در مجلس منجر شد. این طرح با اعمال نفوذ و تهدید جانی نمایندگان استیضاح‌کننده توسط رضاخان، به شکست انجامید.

پس از انقراض قاجاریه و بر تخت‌نشستن پهلوی، زمان انتقام از مخالفت‌های پیشین آیت الله مدرس برای رضاشاه رسیده بود. همین موجب برنامه‌ریزی ترور آیت الله مدرس از سوی رضاخان شد؛ تروری که با هوشمندی آیت الله مدرس، با شکست مواجه می‌شود. رضاشاه برای برخورد نهایی و دستگیری آیت الله مدرس، منتظر اتمام مجلس ششم و سلب مصونیت سیاسی او بود. آیت الله مدرس در ۱۶ مهرماه ۱۳۰۷ش دستگیر شد و به خواف خراسان تبعید شد. او به مدت هفت سال در خواف تحت نظر بود و پس از آن به کاشمر منتقل شد. سرانجام آیت الله مدرس، در ۲۷ رمضان ۱۳۵۷ق مطابق با ۱۰ آذر ۱۳۱۶ش، به دستور رضاشاه مسموم و سپس خفه شد.

آقا نورالله اصفهانی (۱۲۷۸-۱۳۴۶ق)

آقا نورالله نجفی اصفهانی (۱۲۷۸-۱۳۴۶ق) از فقهای اصفهان از جمله عالمان مخالف رضاشاه در کنار مدرس بود. اوج درگیری او با رضاشاه در جریان قانون نظام‌وظیفه اجباری بود. حاج آقا نورالله از علمای فعال در جنبش مشروطیت بود و در اصفهان و مناطق اطراف آن، قدرت فوق‌العاده داشت. او با برآمدن رضاشاه، به مراسم تاج‌گذاری او دعوت شد و در آن شرکت کرد. در مواردی، کار آقا نورالله با حکام منصوب رضاشاه در اصفهان به درگیری می‌کشید.

در سال ۱۳۰۶ شمسی، مردم اصفهان علیه قانون نظام‌وظیفه اجباری دست به اعتراض زدند و با حضور در مقابل درب منزل علما از آنان خواستند تا برای رفع ظلم کاری کنند. علمایی که با اعتراض مردم همراهی کردند، برای اعلام مخالفت خود به سمت قم حرکت کردند. آنان پس از حضور در قم، به علما و مردم ولایات دیگر نیز خبر دادند تا با قیام آنان همراهی کنند. با بالاگرفتن اجتماع قیام‌کنندگان، رضاشاه به فکر چاره افتاد و با فرستادن فوجی، قم را محاصره کرد تا از پیوستن گروه‌های جدید به قیام‌کنندگان جلوگیری کند. از طرف دیگر، با فرستادن تیمورتاش تلاش کرد تا کار را با سران قیام با مصالحه فیصله دهد.

هنوز گفتگوها میان سران قیام‌کنندگان، از جمله مهم‌ترین آنان آقا نورالله، در جریان بود که او پس از بیماری مختصر چندروزه از دنیا رفت. گفته‌شده که معاینه آقا نورالله توسط طبیب مخصوص فرستاده‌شده از سوی رضاشاه موجب شدت‌گرفتن بیماری و مرگ او شده است. آنان معتقدند که آقا نورالله با توطئه رضاشاه به قتل رسیده است.

محمدتقی بافقی (۱۲۹۲-۱۳۶۵ق)

آیت الله محمدتقی بافقی (۱۲۹۲-۱۳۶۵ق) از علما و وعاظ شیعه و از مخالفان مشهور رضاشاه بود. او از شاگردان محمدکاظم خراسانی و سید محمدکاظم یزدی و میرزا حسین نوری در نجف و سید احمد موسوی کربلایی در کربلا بود. آیت الله بافقی در سال ق۱۳۳۶ به قم هجرت کرد و برای احیای حوزه علمیه قم تلاش کرد. او از جمله کسانی بود که شیخ عبدالکریم حائری را برای اقامت در قم و زعامت حوزه علمیه قم ترغیب کرد. با آمدن آیت الله حائری یزدی به قم و رشد حوزه علمیه، آیت الله بافقی عملاً به دستیاری آیت الله حائری یزدی رسید.

آیت الله بافقی تلاش می‌کرد تا در قم فریضه امر به معروف و نهی از منکر را پیاده کند. دولت با این رویه مخالفت کرد که با جواب تند بافقی همراه شد. او در این جواب، رضاشاه را با فراعنه مقایسه کرده بود. آیت الله بافقی نامه‌هایی به رضا شاه می‌نوشت و از او می‌خواست تا از مخالفت با علما دست بکشد.

در ۲۹ اسفند ۱۳۰۶ش همسر، دختران و برخی از زنان دربار برای مراسم نوروزی وارد حرم حضرت معصومه (سلام الله علیها) شدند. آنان در غرفه بالای ایوان آیینه، بی‌چادر نشستند. مردم این واقعه را به آیت الله بافقی اطلاع دادند و او ضمن پیغامی به حضور آنان در حرم بدون حجاب مناسب، اعتراض کرد. اعتراض او مورد توجه قرار نگرفت به همین دلیل آیت الله بافقی شخصاً به آنجا رفت و از ایشان خواست تا حرم را ترک کنند. خانواده رضاشاه به خانه تولیت رفتند و این رخداد را به تهران خبر دادند. رضاخان بی‌درنگ همراه با وزیر دربار و یک فوج زرهی از تهران روانه قم شد، نظامیان را در منظریه قم مستقر کرد و خود، همراه عده‌ای از گارد، وارد شهر شد.

گارد همراه رضاشاه، حرم را محاصره کرد و شاه با چکمه وارد حرم شد. افراد گارد عده‌ای را زدند و بافقی را دستگیر کردند. رضاشاه شخصاً آیت الله بافقی را زیر مشت و لگد انداخت و به ناسزا گرفت و به زندان تهران فرستاد. آیت الله بافقی پس از چند ماه، با وساطت آیت الله حائری یزدی، از زندان آزاد و به شهرری تبعید شد و در همانجا درگذشت.

عبدالکریم حائری یزدی (۱۲۷۶-۱۳۵۵ق)

آیت الله عبدالکریم حائری یزدی (۱۲۷۶-۱۳۵۵ق) را از عالمانی دانسته‌اند که به طور فعال در مسائل سیاسی دخالت نمی‌کرد؛ اما شرایط به‌گونه‌ای پیش رفت که در اواخر عمر ناچار شد در امور سیاسی دخالت کند. مهم‌ترین چالش آیت الله حائری یزدی در آن سال‌ها، نحوه تعامل و مناسباتش با رضاشاه بود. در دوران سردار سپهی رضاخان، روابط نسبتاً خوبی میان این دو برقرار بود. آیت الله حائری یزدی در تأیید و تا حدی تثبیت رضاخان بی‌تأثیر نبود؛ اعلامیه مشترک او و محمدحسین نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی در نفی جمهوریت، پس از ملاقات رضاخان با آن سه، در مجموع به سود رضاخان تمام شد. از زمان تثبیت سلطنت رضاشاه تا پیش از طرح مسئله کشف حجاب، مناسبات میان آنها نه حسنه و نه تیره بود. در این دوره، آیت الله حائری یزدی در برخی مسائل، مشی بی‌طرفانه اتخاذ کرد و توانست گاهی با میانجیگری از ایجاد بحران جلوگیری کند؛ مانند نقش او در ماجرای مخالفت با نظام وظیفه اجباری به رهبری حاج‌آقا نوراللّه اصفهانی و نیز در موضوع اجباری کردن پوشش متحدالشکل برای مردان. آیت الله حائری یزدی گاهی با تصمیم کلی حکومت پهلوی همراهی کرد. با این حال، کوشید با تدابیری آن را در جهت اهداف و برنامه‌های خود مدیریت کند؛ مانند تصمیم دولت درباره امتحان‌گرفتن از طلاب برای اعطای جواز استفاده از لباس روحانیت. اما او در بسیاری از مسائل، مانند برخورد حکومت با آیت الله شیخ محمدتقی بافقی و آیت الله سیدحسن مدرس، با اینکه موافق عملکرد دولت نبود، بردبارانه سکوت کرد و مقابل حکومت قرار نگرفت.

از پس طرح قانون کشف حجاب، روابط آیت الله حائری یزدی با رضاشاه به تیرگی گرایید. شیخ در این موضوع ابراز مخالفت با شاه را بی‌تأثیر و موجب شدیدتر شدن کار از سوی شاه می‌دانست. اما در نهایت با اصرار شاگردان و برخی مردم به شاه تلگراف زد و قانون کشف حجاب را خلاف شرع دانست و خواستار لغو آن شد. پاسخ منفی رضاشاه به این درخواست با بی‌احترامی به آیت الله حائری یزدی همراه بود. از آن پس، مناسبات آیت الله حائری یزدی و رضاشاه به کلی قطع شد. به نقل برخی منابع، قانون کشف حجاب چنان بر آیت الله حائری یزدی گران آمد که پس از آن خانه‌نشین شد و حتی به باور برخی، موجب مرگ او شد.

سید حسین طباطبایی بروجردی (۱۲۵۴-۱۳۴۰ش)

آیت الله سید حسین طباطبایی بروجردی (۱۲۵۴-۱۳۴۰ش)، به دلایل تاریخی، برخورد مستقیم و جدی با رضاشاه نداشته است. زمان زعامت فراگیر آیت الله بروجردی با ورود او به شهر قم، در سال ۱۳۲۳ش، آغاز می‌شود.

در دوران رضاشاه، آیت الله بروجردی برخوردهایی با حکومت پهلوی داشته است. از جمله در سال ۱۳۰۶ش آیت الله بروجردی برای اعتراض به انتصاب فردی بهایی‌مذهب در یکی از ادارات بروجرد، تصمیم به ترک بروجرد به مقصد عتبات عالیات گرفت. این اقدام اعتراضی، موجب تسلیم حکومت و برکناری فرد بهایی توسط فرماندار بروجرد شد. همچنین در جریان طرح تغییر خط فارسی در دوران رضاشاه، آیت الله بروجردی مخالفت خود را با این موضوع نشان می‌دهد. او تأکید می‌کند که تا من زنده هستم اجازه نمی‌دهم که چنین اتفاقی رخ دهد.