در فصل اول این کتاب، فراز و فرودهای جایگاه حوزوی و سیاسی منتظری، مورد کاوش تاریخی قرار گرفته است. در این فصل، به ریشه‌های تاریخی مطرح شدن منتظری از قبل انقلاب اشاره و فرآیند انتخاب وی به قائم مقامی رهبری در خبرگان رهبری با وجود مخالفت امام خمینی(ره) منعکس شده است. در ادامه فصل مذکور، عوامل و وقایع مختلف تاریخی که به جدایی هر چه بیشتر منتظری از راه امام خمینی منجر شد، همچون ساده‌لوحی منتظری، نفوذ و اعدام سیدمهدی هاشمی، تقابل منتظری با امام، ماجرای مک فارلین بررسی شده و در این میان، مدارک جدیدی از مسئله رونمایی می‌شود.

در فصل دوم با عنوان «از مرجع مبارزین تا ملجا منافقین» نفوذ منافقین در بیت منتظری و تاثیر آن‌ها در اظهارات و تصمیم‌گیری‌های وی، مورد بررسی واقع شده است. در این فصل، در ابتدا تبیینی از سیر تاریخی پیدایش سازمان مجاهدین تا تقابل با انقلاب اسلامی ارائه می‌شود. در این میان، کتاب، با توصیف چگونگی وارد شدن منافقین به فاز مسلحانه، بعد از شکست در مبارزه سیاسی، فضای سیاسی آن دوران را در مقابل چشم مخاطب می‌گذارد تا خواننده با درک شرایط و اتفاقات جاری آن دوران، به اهمیت نزدیکی بیت منتظری به منافقین پی ببرد.

کتاب، با آوردن گفته‌های شخصیت‌های سیاسی مختلف، به اقدامات منافقین در زندان‌ها می‌پردازد و از چگونگی تحت تاثیر قرار گرفتن منتظری از گزارش‌های جهت دار منافقین، پرده برمی‌دارد و روشن می‌کند که با وجود همراهی‌های امام خمینی(ره) و توضحیات مسئولان مطلع از جریانات داخل زندان، منتظری، دل در گرو بعضی از اعضای بیت خود دارد و با اصراری ساده‌لوحانه به جنجال‌سازی در فضای سیاسی کشور می‌پردازد و منجر به آزادی بسیاری از اعضای خطرناک منافقین می‌شود که بعد از آزادی در عملیات مرصاد شرکت داشته‌اند!

کتاب، در نهایت، فرجام این کشاکش سیاسی را به تصویر می‌کشد و به دستور تاریخی امام برای مجازات‌ منافقینی که بر سر موضع سیاسی خود بودند، می‌پردازد و بررسی انتقادی ادعاهای منتظری در این رابطه را در پیش می‌گیرد. همچنین در این فصل، به توصیف جنجال آفرینی بیت منتظری در سال 96 با انتشار فایل صوتی محرمانه از ملاقات منتظری با مسئولان قضایی و اتفاقات پیرامونی آن می‌پردازد و پاسخ‌های مختلفی به تحلیل‌های سست و جهت دار رسانه‌های وابسته داخلی و شبکه‌های ضد انقلاب خارجی ارائه می‌دهد.

در فصل سوم، ضلع دیگری از عوامل سقوط منتظری، مورد بررسی واقع می‌شود. کتاب "روزگار قائم‌مقامی" به‌غیر از سیدمهدی هاشمی و منافقین، لیبرال‌ها را از مهم‌ترین جریانات تاثیر گذار در اقدامات منتظری معرفی می‌کند و پیشینه‌ نفوذ لیبرال‌ها و تأثیرگذاری آن‌ها در تفکرات منتظری را، می‌شکافد.

کتاب مذکور، با کاوشی پژوهش محور در اسناد و گفته‌های معتبر تاریخی، سرنخ‌های این جریان را به مخاطب نشان می‌دهد و اثبات می‌کند رابطه منتظری با نهضت آزادی، از اوایل انقلاب شکل گرفته و تا دهه‌ها بعد، ادامه داشته است و این ارتباطات، منجر به اشتراک در نظر وحدت در راهبرد میان لیبرال‌ها و منتظری پیرامون مسائل مختلفی، همچون سازمان مجاهدین خلق شده است. در نهایت کتاب، به ذوب شدن منتظری در لیبرال‌ها در مسئله جنگ می‌پردازد و پیام منشور روحانیت امام خمینی(ره) را به‌عنوان تقابل قاطعانه امام با آن‌ها بررسی می‌کند.

کتاب، در پایان، اسناد و نامه‌های معتبر و مهم را ضمیمه می‌کند و خواننده را بی واسطه در جریان درگیری‌ها و اتفاقات مهم، پیرامون موضوع کتاب قرار می‌دهد. متن رنجنامه مرحوم سیداحمد خمینی، نامه‌های شخصیت‌های سیاسی به منتظری، نامه‌های سیدمهدی هاشمی به منتظری و سیدهادی هاشمی، مقاله نقد فقهی اظهارت منتظری درباره‌ اعدام‌های سال67 از جمله این ضمیمه‌هاست.»