آیت‌الله شهید خامنه‌ای یک اندیشمند سیاسی بود. با همه وجود به اسلام سیاسی باور داشت. از جوانی دنبال فهم و تبیین «طرح کلی اسلام برای اداره بشریت» بود. اساساً «جامعه‌پردازی» و «تمدن‌سازی» را از اصلی‌ترین اهداف انقلاب اسلامی می‌دانست. همچون امام راحل حتی به عبادیات و طهارات اسلام نیز نگاه اجتماعی و تمدنی داشت. از جوانی تا واپسین ماه‌های پر برکت زندگی خود در اندیشه تولید «نظامات اجتماعی» بر پایه آموزه‌های قرآنی و بنیان‌های فلسفی بودند. در منشور حوزه پیشرو و سرآمد، از اینکه با گذشت ۴۷ سال از انقلاب اسلامی، تولید نظامات اجتماعی هنوز بی‌سامان و بی‌فرجام باقی مانده است و حوزویان اقدامی شایسته و در خور برای آن‌ها انجام نداده‌اند، ناراحتی و تأسف خود را ابراز کرد.

با وجود این، از زمان نوجوانی تا پایان عمر مبارک خود، همواره جزو فعال‌ترین کنشگران سیاسی هم بود. بارها و بارها توسط ساواک دستگیر و زندانی و شکنجه شد. بعد از انقلاب نیز همواره در رأس اداره کشور و جزو فعال‌ترین کنشگران سیاسی بود.

در عین حال، شخصاً هرگز دنبال کسب قدرت نبود. او قدرت را برای خدمت به اسلام و ایران و ملت ایران و امت اسلامی می‌خواست. هیچ بهره شخصی از قدرت نگرفت. در ۴۷ سال زمامداری، ذره‌ای از متاع‌های دنیوی برای خود یا خانواده و فرزندان خود برنداشت.

سیاست‌ورزی او، عین اندیشه‌ورزی او بود. او سیاستمداری اصولی و اندیشه‌ای بود. به همین دلیل، مثل سیاستمداران بی‌اصول هرگز دچار عمل‌گرایی منفی نشد. هرگز بر سر اصول و ارزش‌ها معامله نکرد. هرگز فریب دشمنان یا منافقان را نخورد. هرگز رنگ عوض نکرد. آشکار و نهان او یکسان بود. همان‌گونه بود که می‌نمود. صداقت و شفافیت، از برجسته‌ترین ویژگی‌های سیاست‌ورزی او بود.

از «انسجام اجتماعی» فراوان سخن گفت و بسیار هم دغدغه «وحدت ملی» را داشت؛ اما هرگز بر این باور نبود که باید با همه ائتلاف کرد! محور وحدت و انسجام برای او، انقلاب و اصول انقلاب و ارزش‌ها و آموزه‌های امام راحل بود. محور انسجام برای او مقاومت و مبارزه و جهاد بود. هرگز دنبال ائتلاف با ترسوها و قاعدین نبود. هرگز به قیمت دست شستن از اصول، حاضر نبود دیگران را جذب خودش کند. او «اتحاد مقدس» را می‌ستود و می‌خواست؛ یعنی اتحاد بر محور اصول و ارزش‌های اصیل انقلاب.