پیش از انقلاب اسلامی، عدهای از افراد، مفاهیم عالی اسلام را با مفاهیم مارکسیستی و الحادی مخلوط میکردند. آقای خامنهای حساسیت ویژهای نسبت به مواضع التقاطی ابراز میکردند که تأثیر خوبی در جلوگیری از رشد این تفکر در خراسان داشت.
در یکی از مسافرتهای استاد شهید مطهری به مشهد مقدس، از مرزهای فکری و التقاطی سخن به میان آمد. استاد مرتضی مطهری وقتی از نظر شاگردان آیت الله خامنهای آگاه شدند، با لبخندی رضایتآمیز فرمودند: در خیلی جاها خبری از این ریزبینیها نیست. توجه به این مسائل در مشهد مقدس، مدیون وجود با برکت جناب آقای خامنهای است.