مرحوم آیه الله محمد حسن نجفی مشهور به صاحب جواهر در روزهای آخر زندگیش دستور داد مجلسی تشکیل شود و همه علمای طراز اول نجف اشرف در آن شرکت کنند. مجلس مزبور در محضر صاحب جواهر تشکیل گردید.

ولی شیخ انصاری در آن حضور نداشت.

صاحب جواهر فرمود: شیخ مرتضی انصاری را نیز حاضر کنید.

پس از جستجوی زیاد دیدند شیخ در گوشه‌ای از حرم امیرالمؤمنین (علیه‌السلام) رو به قبله ایستاده و برای شفای صاحب جواهر دعا می‌کند و از پروردگار می‌خواهد تا او از این مرض عافیت یابد.

بعد از اتمام دعا، شیخ را به مجلس بردند.

صاحب جواهر شیخ را بر بالین خود نشاند، دستش را گرفته و بر روی قلب خود نهاد و گفت: آلان طاب لی الموت (اکنون مرگ برای من گواراست). سپس به حاضرین فرمود:

هذا مرجعکم من بعدی (این مرد مرجع شما پس از من است). بعد رو به شیخ انصاری نموده و گفتند: قلل من احتیاطک فأن الشریعه سمحه سهله (از احتیاطات خود بکاه. پس همانا دین اسلام، دینی سهل و آسان است)

آن مجلس پایان یافت و طولی نکشید که صاحب جواهر به دیار قدس پر کشید و نوبت شیخ انصاری رسید که زعامت امت را بر عهده گیرد.

 اما او با اینکه چهارصد مجتهد مسلم، اعلمیتش را تصدیق کردند، از صدور فتوی و قبول مرجعیت خودداری ورزید و به سید العلماء مازندرانی که در ایران به سر می‌برد و شیخ با او در کربلا همدرس بود، نامه‌ای به این مضمون نوشت: هنگامی که شما در کربلا بودید و با هم از محضر درس شریف العلماء استفاده می‌بردیم، استفاده و فهم شما از من بیشتر بود. اینک سزاوار است به نجف آمده و این امر را عهده‌دار شوید.

سیدالعلماء در جواب نوشت: آری! لیکن شما در این مدت در حوزه مشغول به تدریس و مباحثه بوده‌اید؛ ولی من در اینجا گرفتار امور مردم هستم. شما در این مقام از من سزاوارترید.

شیخ انصاری پس از دریافت پاسخ نامه‌اش، به حرم مطهر مولا علی (علیه‌السلام) مشرف شده و از روح مطهر آن امام در این امر خطیر، استمداد طلبید.

یکی از خدام حرم می‌گوید:

طبق معمول ساعتی قبل از طلوع فجر برای روشن کردن چراغ‌ها به حرم رفتم. ناگهان از طرف پایین پای حضرت امیر (علیه‌السلام) صدای گریه و ناله سوزناکی به گوشم رسید. شگفت‌زده شدم خدایا! این صدا از کیست؟ آخر، این وقت شب زائری به حرم نمی‌آید. در همین فکرها بودم و آهسته آهسته جلو آمدم ببینم جریان از چه قرار است. ناگهان دیدم شیخ انصاری صورتش را به ضریح مطهر گذاشته و همانند مادر جوان از دست داده می‌گرید و با زبان دزفولی خطاب به مولا می‌گوید: آقای من! ای اباالحسن! یا امیرالمؤمنین! این مسئولیتی که اینک بر دوشم آمده، بسیار خطیر و مهم است. از تو می‌خواهم مرا از لغزش و عدم عمل به تکلیف مصون و محفوظ داری و در طوفان‌های حوادث ناگوار، همواره راهنمایم باشی، والا از زیر بار این مسئولیت فرار کرده و نخواهم پذیرفت.