تاسیس نظام جمهوری اسلامی توسط روحانیت را باید مصداق بارز حوزه ضد سکولاری و حضور روحانیان در عرصه سیاست دانست. وجود فقیه سیاستمدار، مجاهد بزرگی به نام حاج‌آقا روح‌الله خمینی معنا و مفهوم ویژه‌ای به حوزه ضد سکولاری دادند. ایشان که دغدغه دفاع از دین را داشتند، از بی‌تفاوتی برخی از روحانیان نسبت به وقایع پیرامون رنج می‌بردند و نسبت به آن واکنش نشان می‌دادند. ایشان  برخی از مراجع تقلید گذشته را به علت تسامح و مماشات با حاکمان، مسئول می‌دانستند و وقتی سکوت آنها را در برابر برخی قانون‌ستیزی‌ها را می‌دیدند، فریاد بر می‌آوردند: «وای بر این علمای ساکت! وای بر این نجف ساکت! این قم ساکت! این تهران ساکت! این مشهد ساکت! این سکوت مرگبار، اسباب این می‌شود که زیر چکمه اسرائیل، به دست همین بهاییان، این مملکت ما، این نوامیس ما، پایمال بشود. وای بر ما و بر این اسلام! وای بر این مسلمین! ای علما، ساکت ننشینید، نگویید علی مسلک شیخ رضوان‌الله علیه، والله شیخ اگر حالا بود تکلیفش این بود». تاسیس نظام اسلامی، پاسخی مناسب به اندیشه خطرناک حوزه سکولاری و بی‌اثر بود. اندیشه‌ای که در تلاش بود تا کارکرد روحانیت را تنها در محراب مساجد جستجو کند. با تاسیس این نظام، روحانیت اصیل، نقش محوری در اداره امور کشور پیدا کرد و رسماً پیوند دین با سیاست، و محو شعار و تلاش سکولارها، معنا و مفهوم واقعی یافت. می‌توان نظام‌سازی امام را پادزهری در برابر زهر گفتار و عمل سکولارها دانست که عالی‌ترین مصداق حضور روحانیان در عرصه سیاست را رقم زد. دقیقاً بر همین اساس است که رهبر معظم انقلاب اسلامی در تبیین رابطه حوزه و حکومت، رابطه تنگاتنگ، تعاملی و حمایتی بیان می‌کنند. 

۱- حس هم‌ذات‌پنداری

نکته اولی که می‌توان از دیدگاه ایشان استنباط کرد، وجود حس هم‌ذات‌پنداری حوزه نسبت به نظام است؛ به این معنا که «نظام، مرتبط و متصل و همزاد است نسبت به روحانیت. اگر روحانیت نبود، شما بدانید این نظام تشکیل نمی‌شد؛ این انقلاب پیروز نمی‌شد... اگر جامعه‌ی روحانیت نبود، این انقلاب پیروز نمی‌شد؛ تا صدسال دیگر هم پیروز نمی‌شد.»؛ بنابراین حوزه باید «نظام جمهوری اسلامی  را از خود بداند.»  ایشان هم حوزه را مادر و مولد نظام می‌دانند: «حوزه علمیه قم، مادر این نظام است؛ به وجود آورنده و مولد این انقلاب و این حرکت عظیم است. یک مادر چگونه می‌تواند از زاده خود، از فرزند خود غافل بماند، نسبت به او بی‌تفاوت باشد، در هنگام لازم از او دفاع نکند؟ ممکن نیست.»  و هم اینکه خود را سرباز پا در رکاب نظام قلمداد کند: «حوزه‌های علمیه باید خود را سربازان نظام بدانند، برای نظام کار کنند، برای نظام دل بسوزاند، در خدمت تقویت نظام حرکت کنند؛ و این درست عکس آن چیزی است که سیاست سرویس‌های امنیتی انگلیس، آمریکا، اسرائیل و دیگران دنبال می‌کنند. آنها تلاش می‌کنند بلکه بتوانند یک منفذی پیدا کنند... برای اینکه فاصله‌ی بین نظام و روحانیت را برجسته کنند؛ القاء کنند که چنین فاصله‌ای وجود دارد» 

۲- نیاز متقابل

نکته دومی که در این مورد می‌توان از دیدگاه رهبر انقلاب استنباط کرد، نیاز متقابل حوزه و نظام به هم می‌باشد. حوزه به نظام احتیاج دارد: «حوزه علمیه در این دوران، جوهر حیات و رشد و بالندگی خود را مرهون انقلاب اسلامی و امام عظیم‌الشأن آن و مجاهدت‌های ایثارگرانی است که به عشق دین خدا و به امید حاکمیّت آن، جان و تن خود را به میدان فداکاری بردند.»  به تعبیر ایشان: «انقلاب اسلامی که از حوزه و به رهبری برجسته‌ترین فرزندان و تربیت‌شدگان آن، سر کشید و امواج جهانی را در جهت عکس تدابیر و امیدهای استکبار هدایت کرد، حوزه‌ی علمیه را نیز درخشش و جذابیت و اعتباری تازه داد و بذر امید و روشن‌بینی و عشق به حرکت را در آن کاشت.» چرا حوزه به نظام مدیون است؟ به این خاطر که: «نظام اسلامی یک امکان عظیمی را در اختیار داعیان الی‌اللّه و مبلّغان اسلام قرار داده. کِی چنین چیزی در اختیار شما بود؟ امروز یک طلبه‌ی فاضل در تلویزیون می‌نشیند نیم ساعت حرف می‌زند، ده میلیون، بیست میلیون مستمع از روی شوق به حرف او گوش می‌دهند. کِی چنین چیزی برای من و شما در طول تاریخ روحانیت، از اول اسلام تا حالا، وجود داشته؟ این اجتماعات بزرگ کِی وجود داشت؟ این نمازجمعه‌ها کِی وجود داشت؟ این همه جوان مشتاق و تشنه‌ی معارف کِی وجود داشت؟... این فرصت تا امروز کِی برای روحانیت وجود داشت؟» از آن طرف هم نظام، احتیاج متقابل نسبت به حوزه دارد: «خون پاک علماء و فضلاء و طلّابی که در این راه جامه‌ی شهادت پوشیدند، به این نهال الهی رشد و رونقی بی‌سابقه بخشید و آن را تا دوران‌های طولانی بیمه کرد.» چرا نظام به حوزه نیاز دارد؟ زیرا: «امروز دستگاه قضایی در زمینه فقهی، نیازمند حوزه‌های علمیّه است و دستگاه‌های اجرایی و قانون‌گذاری، بیشتر احتیاج دارند. دانشگاه‌ها، نیروی نظامی، کارخانه‌ها و تمام اقشار ملت، نیازمند حوزه‌های علمیّه‌اند. همچنین، این نظام، در رأس خود کسی را می‌خواهد که پرورده این حوزه‌ها باشد. این همکاری و همگامی، باید به شکل صحیحِ آن باشد.» در یک کلام: «اگر نیاز جامعه و حکومت اسلامی و اقامه‌ی آن مطرح است، می‌بایست حوزه‌ی علمیّه آن را تأمین کند» 

۳- لزوم تعامل و تعاون

نکته سومی که از فرمایشات رهبر انقلاب استنباط می‌شود، لزوم تعامل و تعاون حوزه و نظام است: «ارتباط حوزه علمیه با نظام اسلامی، در تدوین اصول اساسی و پایه‌های مقررات اسلامی خلاصه نمی‌شود؛ بلکه ربط این دو، در همه‌ی ابعاد، ربط منطقی و مبّنی بر تعاون است. نظام اسلامی، حوزه علمیه را همچون پشتوانه معنوی خود عزیز می‌دارد، و حوزه علمیه، نظام اسلامی را همچون فضای مناسبی برای رشد و تکامل خود مغتنم می‌شمرد. هر یک، کمک و پشتیبان آن دیگری است، این درک و احساس دو جانبه باید روز بروز قوی‌تر و واقعی‌تر گردد.» به تعبیر ایشان: «نظام جمهوری اسلامی به طبیعت خود، نظامی وابسته‌ی به علمای دین است و علمای دین، هم از این حیث که در پدید آوردن این نظام سهم وافر را داشته‌اند و هم از این جهت که مردم درباره‌ی نظام به آن‌ها مراجعه می‌کنند و هم از این جهت که خود از جهات مختلف و در مشاغل مختلف، در نظام مسؤولند»

این سه مسئله یعنی: حس هم‌ذات‌پنداری، نیاز متقابل و لزوم تعامل و تعاون، به یک مسئله مهم‌تر منتهی می‌شود که آن، مسئله «نسبت بین حوزه و نظام اسلامی» است.